胶囊内镜虽然是无创性检查，在患者生理状况下进行，但是胶囊内镜检查仍有一定风险。
以下是胶囊内镜检查的禁忌证。
(1)胃肠道梗阻。
(2)无手术条件者及拒绝接受任何外科手术者，这样一旦胶囊内镜滞留将可能无法通过手术取出。
(3)应排除有严重动力障碍者，包括未经治疗的贲门失弛缓症和胃轻瘫患者。如果这类患者根据病情一定需要进行胶囊内镜检查，可采用胃镜将胶囊内镜送入十指肠的方法。
(4)患者体内如有心脏起搏器或已植入其他电子医学仪器者，由于可能引起相互间信号干扰而作为禁忌吞服胶囊内镜范围。
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