康熙帝是中国走出紫禁城、巡察地方最多的皇帝。他做皇帝的六十一年，其中先后积十八年时间，是在各地巡察，多达一百三十次，次数最多是长城南北热河诸地，多达七十八次，而民间最有影响的却是六次南巡，总共有五百四十九天。这六次南巡为康熙执政提供了很好的参考。关心河工康熙南巡有多种目的，如笼络知识分子、游览各地风光，但每次必到治黄工程现场，视察三五天，提出可行性意见，由此开始了南巡的考察民情和地方吏治。他说：“古人之君，居深宫之中，不知民间疾苦者多，朕于各地巡行，因目击之故，知之甚确。”康熙二十三年(1684)，首次南巡，就在苏北视察。
他乘舆自宿迁至清河(淮阴)，路程二百里，就走了整整十二天，所过之处，见河工夫役运土、夯筑大为辛劳，特地多次停下车驾，步行外出，亲加慰劳，并面谕靳辅等治河大臣，严防有不肖官役侵蚀本已微薄的劳务工资，务必让人人都能拿到定额的银钱。几天后，康熙帝乘船由清河沿运河南下，在过高邮湖时，见民间田地庐舍多浸没在水中，心甚不安，舍舟登岸步行湖堤十余里，察看形势，召集当地父老和读书人，详细了解水灾根因，并寻找解救办法。他对陪同的两江总督王新命说：“朕此行原欲访问民间疾苦，凡有地方利弊，必设法兴除，使之各得其所。现在目睹此方水灾，哪里能不设法拯救呢？”他下诏，凡是有水灾的州县，一一详加考勘，确切查证后，务必解决，需要多少经费，就用多少，在所不惜。
当日，康熙帝夜不能寐，赋古风一首： “淮扬罹水灾，流波常浩浩。龙船偶经过，一望类州岛。田亩尽沉沦，舍庐半倾倒。茕茕赤子民，栖栖卧深潦……” 考察清官康熙帝南巡察访吏治，也发现了一批好官。康熙帝首次南巡前夕，获悉两江总督于成龙逝世，大为痛惜，临朝讯问：“今天下清廉官如于成龙者有几人？”回答有七人，其中有张鹏翮、郭琇和彭鹏。但他没有轻易相信。当年秋，他南巡路过兖州，见到兖州知府张鹏翮，经考察后果然不错。
张从此擢升，由浙江巡抚直至吏部尚书。南巡至江苏吴江，微服至民间，百姓都称赞本县知县郭琇是清官好官，由是超擢为御史，后任湖广总督。
在南京，他特别注意当年由于成龙推荐的江宁知府于成龙(汉军镶黄旗人)，经密访果然与所说相同，证实此于成龙确是清廉、干练，特予以嘉奖，赐亲书手卷一轴，对他谕说：“人靡不有初，鲜克有终，尔必自始至终毋有改操，务效前总督于成龙，正直洁清。”当月即超擢为安徽按察使，两年后又擢为直隶巡抚。并在首次南巡归京后，专门召见于父，赐貂裘，奖励他教子有方。
严惩贪官康熙帝南巡也很注意地方官吏的贪赃和渎职。首次南巡驻跸宿迁，发现漕运总督邵甘问题相当严重，便当面申饬他：“朕时巡之举，原欲周览民情，察访吏治。你身为大臣，理应廉洁，为僚属做个表率。谁知到任以来，没有做过一件实事，而且还多有不谨处。”
邵甘心中不甘，为己行为作了诡辩。康熙帝拿出人证物证，又说：“朕还查询本地民众，多是这么说的，可谓言之凿凿。”邵甘只得低头服罪。
康熙帝把他带往南京，随即革职。康熙帝考察、处理官员是相当慎重的。康熙二十八年(1689)三月，在他第二次南巡返京的第二天，才处理出巡时掌握的某些高官，如杭州副都统朱山庸劣免职，靳辅政绩显著，民众口碑极好，恢复河道总督原职。他为官吏政绩定格，与察访民情契合，说：“凡居官贤否，唯舆论不爽。果其贤也，问之于民，民自极口颂之;如其不贤，问之于民，民必含糊应之。官之贤否，于此立辨矣。”
