野史小说都说慈禧太后厌恶珍妃，实际上在进宫之初，慈禧是很喜欢珍妃的。珍妃漂亮聪明，慈禧在她身上看到了自己年轻时的影子。慈禧知道她喜欢画画，便令宫廷女画师缪嘉蕙教之，有进贡的稀罕之物，也必赏赐给她一份。
但是经过一系列的事情后，慈禧对珍妃逐渐产生了反感，这主要是珍妃叛逆的性格所致。慈禧个性守旧古板，在她看来，珍妃的行为简直是不守妇道。
清朝末年，照相术已经传入中国，却被因循守旧的顽固人物视为“西洋淫巧之物”，甚至有人认为照相能摄去人的魂魄。珍妃对外界事物接触比较多，好奇心强，便托人买来照相机。不仅在景仁宫，还在皇帝居住的养心殿以及其他地方，穿上各式各样的时装、不拘姿势地照相。她穿的服装在当时来说算是比较失体面的，这让慈禧很看不惯，而且那时的慈禧还没有认识到照相机的作用，因此反对在宫中使用。珍妃不顾她的反对，公然在宫中照相，于是惹怒了慈禧。据说珍妃不仅给自己和别人照相，还暗中让一个姓戴的太监在东华门外开设了一个照相馆。此事被慈禧得知后，照相馆被查封，戴姓太监也被杖毙。
此外，珍妃还喜爱女扮男装，穿戴男子的冠服与光绪嬉戏，甚至还穿上皇帝的龙袍。慈禧听闻后大怒，以为不成体统，教训了她一顿，但此时尚无杀她之心。
珍妃真正触怒慈禧的是她的干政。她通过光绪提拔兄长志锐为礼部侍郎，并破格提拔自己的老师文廷式为翰林院侍读学士。清朝晚期，卖官鬻爵已成了公开的秘密，珍妃手头紧张，见慈禧巧立名目、大肆卖官，心中羡慕，也欲效仿之。光绪宠爱她，对她的话唯命是从，结果事情败露。慈禧得知后，厌恶之感顿生，再加上备受冷落的皇后在旁哭诉独守空闺之苦，于是慈禧决定严惩珍妃。
光绪二十年(1894)十月二十九日，慈禧太后下发了一道懿旨，以“近来习尚浮华，屡有乞请之事”的罪名将瑾妃、珍妃降为贵人。此后，还连降两道懿旨，一道命皇后严加管理后宫，另一道让瑾妃、珍妃谨言慎行，改过自新。慈禧特地下令将这两道懿旨制作成禁牌，挂在内廷，以儆效尤。慈禧主要打击的是珍妃，瑾妃因为受了妹妹的连累，也被降级。光绪再三求情也无济于事。直到光绪二十一年(1895)十月，慈禧才恢复了珍妃、瑾妃的封号。
珍妃虽然屡遭打击，但是在朝政上，她仍然坚决站在光绪一边，支持光绪变法，她的胞兄志锐和老师文廷式，也是帝党的一员。慈禧于是将珍妃归入怂恿光绪叛逆的人中，对其恶感更甚。
