从明末开始，沙俄远征军曾多次入侵黑龙江流域，烧杀抢劫，四处蚕食。康熙二十二年(1683年)九月，清勒令盘踞在雅克萨等地的沙俄侵略军撤离清领土。侵略军不予理睬，反而率兵窜至爱珲劫掠，清将萨布素将其击败，并将黑龙江下游侵略军建立的据点均予焚毁，使雅克萨成为孤城。但侵略军负隅顽抗。康熙二十四年(1685年)正月二十三日，为了彻底消除沙俄侵略，康熙命都统彭春赴爱珲，数日攻克雅克萨城，即行回师，留部分兵力驻守爱珲，另派兵在爱珲、墨尔根(今黑龙江嫩江)屯田，加强黑龙江一带防务。
康熙二十四年(1685年)秋，沙俄卷土重来，再次占领雅克萨城。俄军这一背信弃义的行为引起清政府的极大愤慨。次年初，康熙接到奏报，即下令反击。康熙二十五年(1686年)七月二十四日，清军2000多人进抵雅克萨城下，将城围困起来，勒令沙俄侵略军投降。托尔布津不理。八月，清军开始攻城，托尔布津中弹身亡，改由杯敦代行指挥，继续顽抗。八月二十五日，清军考虑到沙俄侵略者死守雅克萨，必待援兵，且考虑隆冬冰合后，舰船行动、马匹粮秣等不便，于是在雅克萨城的南、北、东三面掘壕围困，在城西河上派战舰巡逻，切断守敌外援。
侵略军被围困，战死病死很多，826名俄军，最后只剩66人。雅克萨城旦夕可下，俄国摄政王索菲亚急忙向清请求撤围，遣使议定边界。清答应所请，准许侵略军残部撤往尼布楚。
雅克萨之战结束后，双方于康熙二十八年(1689年)七月二十四日缔结了《中俄尼布楚约》，规定以外兴安岭至海格尔必齐河和额尔古纳河为中俄两国东段边界，黑龙江以北，外兴安岭以南和乌苏里江以东地区均为清朝领土。
