早年
玄烨是顺治帝福临的第三子，母孝康章皇后佟佳氏时为庶妃，顺治帝生前没有册立太子。顺治十八年，顺治帝接受汤若望的建议，因玄烨出过天花具有免疫力而把他选为继承人，以遗诏的形式册立玄烨为皇太子。顺治十八年正月玄烨即位时只有6岁(虚岁八岁)，次年正月(1662年2月)改元康熙。遗诏同时指派索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜四大臣辅政。
玄烨8岁丧父(存疑)，10岁丧母。母亲重病时，玄烨“朝夕虔侍，亲尝汤药，目不交睫，衣不解带”;母亲病故后，玄烨昼夜守灵，水米不进，哀哭不停。康熙后来回忆说，幼年在“父母膝下，未得一日承欢”。
智擒鳌拜
康熙六年(1667年)六月，首辅索尼病故。七月初七，十四岁的康熙帝正式亲政，在太和殿受贺，赦天下。但亲政仅十天后，鳌拜即擅杀同为辅政大臣的苏克萨哈，数天后与遏必隆一起进位一等公，实际政局并不受康熙帝直接掌控。
康熙八年(1669年)，康熙帝时常召集少年侍卫在宫中作扑击之戏，不过在五月十六日(6月14日)，突然下令这些侍卫在鳌拜进见时将其逮捕。大臣商议鳌拜大罪三十条，请求诛其族，康熙帝念鳌拜功劳，赦死罪而拘禁，但诛杀了鳌拜的很多弟侄亲随及党羽，不久鳌拜死于禁所。仅存的另一辅政大臣遏必隆因为长期勾结鳌拜，被削去太师、一等公。康熙帝由此完全夺回朝廷大权，开始真正亲政的阶段。
平定三藩
康熙十二年(1673年)三月，以平南王尚可喜请求归老辽东，但请求留其子之信继续镇守广东为引线，引发了是否撤藩的激烈争论。最后康熙帝认为“藩镇久握重兵，势成尾大，非国家利”，决定下令“撤藩”。
同年十一月，吴三桂在云南发动叛乱，提出反清复明，并于次年派将率军进攻湖南，攻陷常德、长沙、岳州、澧州、衡州等地。他又派人四出散布檄文，声讨清朝。广西将军孙延龄、四川巡抚罗森等许多地方大员纷纷反清。接着，福建耿精忠亦反。在短短数月之内，滇、黔、湘、桂、闽、川六省丢失，一时间清帝国危在旦夕。随后，陕西提督王辅臣、广东尚之信等也相继反叛，叛乱扩大到广东、江西和陕西、甘肃等省。
康熙帝对策是坚决打击吴三桂，决不给予妥协讲和的机会;而对其他的叛变者则大开招抚之门，以此来分化叛军，削弱吴三桂的羽翼，从而孤立吴三桂。在这个方针之下，康熙帝把湖南作为军事进攻的重点，命勒尔锦等统领大军至荆州、武昌，正面抵住吴三桂，并进击湖南，又命岳乐由江西赴长沙，以夹攻湖南。此外，康熙帝又放手重用汉将汉兵作战。
康熙十五年(1676年)，陕西王辅臣和福建耿精忠在清军进攻下，先后投降。广东的尚之信也于康熙十六年(1677年)投降。陕、闽、粤以及江西都先后平定。吴三桂局促于湖南一隅之地，外援日削，而清军已由江西进围长沙，其失败之势已成。
康熙十七年(1678年)三月，吴三桂在衡州称帝，国号周，大封诸将。未几即忧愤成疾，于八月病死。吴三桂死后，其部将迎立其孙吴世璠继位，退居云贵。此后，清军先后收复湖南、广西和四川。
康熙二十一年(1681年)冬，清军攻破昆明，吴世璠自杀。
