重新统一新疆
北京内城南面西为“宣武门”，标榜皇帝“宣武”。明清入主北京的皇帝，真正称得上“宣武”的，只有明成祖，康熙、乾隆三位而已。乾隆不仅“崇文”，而且“宣武”。他的武功之一就是用兵西陲，开辟新疆、巩固新疆。在北疆，两次平准噶尔，将准噶尔人斩尽杀绝，基本上解决了北疆的问题。南疆，主要指天山以南的维吾尔族地域，清代称“回部”。准噶尔部强大时，回部受准噶尔贵族的欺凌与侵逼。但是，清军平定北疆后，回部贵族试图摆脱清朝，自长一方。为此，清军同回部大小和卓在库车、叶尔羌等几座南疆重镇进行了激战，最终获胜，重新统一南疆。从此西域与中原再度连为一体，定名新疆也是取“故土新归”之意。
乾隆在南疆实行因俗而治，设立阿奇木伯克制，由清廷任命。并设参赞大臣(驻叶尔羌)等官，分驻各城，加强统辖。制订《回部善后事宜》，对南疆管理体制做出改革。乾隆在新疆设伊犁将军，实行军府制，修筑城堡，驻扎军队，设置卡伦，巡查边界，移民实边，进行屯垦，加强了对新疆地区的管辖。乾隆平准定回诸役，统一了准、回各部，加强了中央政府对西域的统辖，铲除了准噶尔东犯喀尔喀、威胁京师及大西北的祸根，保持了西北、漠北及青海、西藏的社会安定。
完善治理西藏
乾隆两次派兵打败廓尔喀(今尼泊尔)的侵犯，制定《钦定西藏章程》。规定：设驻藏大臣督办藏内事务;在西藏驻军，分驻前藏、后藏;达赖喇嘛、班禅额尔德尼等圆寂后，在驻藏大臣亲监下，灵童转世设立金奔巴瓶制，用金奔巴瓶掣签决定继承人，这就是著名的金瓶掣签制度。
西藏对邻国贸易必须进行登记;西藏货币一律用白银铸造，正面铸“乾隆宝藏”四个字;等等。《钦定西藏章程》是西藏历史上重要的文献，标志着清朝对西藏进行全面有效的管辖。在雍和宫的“金奔巴瓶”已成历史文物，在大昭寺内的“金奔巴瓶”制沿袭至今。
