1906年，醇亲王载沣，也就是溥仪他爹、后来的摄政王检阅北洋新军，结果北洋军没事先被安排喊别的口号，依旧喊“我们吃袁宫保、穿袁宫保、为袁宫保卖命”的口号，这一喊可就把载沣给喊急了，回去后立马向慈禧讲军中只知有袁宫保不知有太后、皇上这种情况很危险，以后必然是个大麻烦，把慈禧也说得也后怕了，随后不久袁世凯被慈禧从直隶总督调任军机大臣兼外务部尚书，用明升暗降的方式把袁世凯调离了老巢。当时清廷最头疼的问题首先就是与洋人打交道，外务部在这个背景下也成为朝廷中最重要的部门，袁世凯调任外务部尚书之后，尽管他依然面临着同僚们的明争暗斗，但他的上任还是很快给清廷的外交带来崭新的气象。
比如1907年美国总统老罗斯福宣布退还清廷的庚子赔款，清华在当时就是用这个退换的赔款建的留美预备学校。袁世凯借这个机会还跟美国初步达成了协议，将两国的外交关系由公使级提高到大使级，这也是清廷的首个与列强的大使级关系，不仅一举提高了清廷的国际地位，同时也为清廷与其他国家的外交提供了榜样。袁世凯虽然在军机大臣和外务部尚书的职位上仅停留一年半的时间，自己也一直谨言慎行，但即使是这样，一场突如其来的变故还是差一点把他打入万劫不复的深渊。
1908年秋，慈禧太后病倒，很快又传来年轻的光绪皇帝也随着太后一病不起的消息，阴暗的恐惧开始在京城里蔓延，最终在11月14日，慈禧光绪两人在不到24小时内相继去世。随后的12月2日，溥仪继位，改号宣统，其父载沣以监国摄政王的身份总理朝政。这下载沣当权之后可就要办袁世凯了，载沣的智囊团很快就对除掉袁世凯取得了一致的意见，其实不仅是袁世凯，载沣在上台之后实行的政策一直是提拔满臣而大举打压汉臣的策略，现在不办掉袁世凯，后来也会这么干。但当朝有两位重要大臣的态度让袁世凯躲过了这一劫，一是汉臣中最有威望的张之洞，对载沣说要是杀了袁世凯六镇新军可就反了，不能杀；另一个是庆亲王奕劻，他可还是载沣叔叔辈的人，又是领班军机大臣，可谓皇族中声望最高的人，他也不同意杀袁世凯，结果这两位的态度保了袁世凯一命，最后载沣以袁世凯足疾未愈、走路比较费劲为由将他开缺回了原籍。
人情冷暖世态炎凉总在人的境遇急剧变化的时候显现出来，平时迎来送往门庭若市的袁府马上就门可罗雀了，只有老臣张之洞、学部侍郎严修、杨度等人给袁世凯送了行，没了多年来的威风，落差还是很大的。袁世凯这次政治冬眠既是形势所迫也是躲避凶险韬光养晦，和历史上所有的权臣都一样，自己的地位和权力到了一定地步之后就会感到身居高处的寒意，有的继续增大自己的权力以期无忧，有的则急流勇退，明哲保身，选了两者的人还未必善终，什么都不选的人会死得更快，袁世凯能在两位权臣的帮助下脱身已是幸运的了，但袁世凯毕竟是袁世凯，他像蛰伏在雪野中的蛇一样等待着自己复出的机会。
袁世凯这次被以足疾未愈为由开缺回原籍，但他并没有直接回自己的老家河南项城，而是现在河南卫辉住了一段时间，随后又搬到了当时的河南漳州府，也就是今河南安阳市，把家安在了洹河边上的洹上村，自称洹上老人，深居简出差不多三年时间。实际上稍微想一想就能知道里面有不少的猫腻，要是叱咤风云的一代枭雄真的想告老还乡与家人共享天伦之乐怎么会不回自己的老家以求落叶归根呢？那我们就先来看看彰德府这个地方是有什么优势让袁世凯连老家都不想回了。原来这个彰德府除了位于太行山下风景比较优美之外，它还地处冀、鲁、晋、皖四省交界处，京汉铁路穿行而过，交通十分便利，堪称“四省通衢，九州咽喉”，就在袁世凯自己发家的直隶边上，可以很便捷地与自己的老部下们取得联系，如此说来，袁世凯把这里选作自己的归隐之地显然是经过精心挑选的。
袁世凯在洹上村的宅院是一座经过重新修整的别墅，如今已是片瓦无存了，但在当年可是被袁世凯建设的和中世纪欧洲的庄园一样。袁世凯给这座宅院取名为“养寿园”，主楼命名为“养寿堂”，这“养寿”二字还是当年慈禧太后赐给袁世凯的，如今倒是用上了。养寿园很大，袁世凯经常在里面请戏班子唱戏、请老友来谈天叙旧等等，小生活还是挺滋润的，不错袁世凯在里面发生的最著名的故事还是袁世凯和他哥哥一起披着蓑衣在湖中垂钓的事情了。袁世凯怕朝廷里还有人对自己的下台不放心，便专门有一天请来了摄影师给自己和哥哥摆拍了一张披着蓑衣、泛舟垂钓的照片，还把这种与世无争的样子不仅自己印了几百张分发亲朋，而且还送到了上海，在《东方》杂志上发表，简直就是恐怕别人不知道自己已经玩物丧志的节奏。
其实在很多时候人越张扬什么往往是他心虚什么，袁世凯是不根本可能闲着的，目前找到了袁世凯在这三年蛰伏期间写的一千多封信，几乎每天都挺忙的，在这些信中可以看到袁世凯不仅和自己的老部下有密切的往来，而且和各个封疆大吏乃至自己的政敌都书信上的往来，一直关心着时局的变化。不仅如此，在后面的两年袁世凯还和北京之间架设了专门的电报线，让自己能实时知道时局的变化，这才是真正的袁世凯。也正是在这三年中，袁世凯的亲信北洋系也已经羽翼丰满，成为左右晚清政局重要的军事力量，可见袁世凯深知乱世一定要有兵权在手的硬道理。很快非比寻常的1911年说来就来了，刚过新年就爆发了黄花岗起义，4月保路运动在全国展开，汪精卫和黃复生甚至还把炸弹埋在了摄政王载沣的家门口，10月11日武昌起义成功辛亥革命爆发，军队成了清政府的命根子，而掌握军队的袁世凯，复出的机会自然来了。
当北洋新军奉命去镇压革命的时候，都自觉地路过彰德府向袁世凯请示，这就是很明显的信号了，让清廷很快意识到要调动北洋新军没有袁世凯是不行的，没多久就重新启用了袁世凯。在袁世凯蛰伏其间还有一个小插曲，据说1910年的时候袁世凯曾遇到一个名为许长义的算命瞎子，给袁算了一卦，说他吉人天命，贵不可言，命中官星正在移动，官职将大有升迁，一问日期还就在明年八月，说得袁世凯很高兴，给了他十块大洋作为卦礼。结果到了1911年农历八月的时候，恰逢袁世凯52岁生日期间，忽然传来了武昌起义的消息，不管算命这件事是真是假，反正此时的袁世凯是真的能乘龙在天了。
