钟粹宫在清朝晚期，因慈安太后在此居住，建筑格局，有了变化，如增建垂花门、拓建游廊等。
清慈安太后，钮祜禄氏，广西右江道穆扬阿女，奕詝登极前，便是侧福晋。嫡福晋萨克达氏在咸丰登极前去世。咸丰帝登极，先将侧福晋钮祜禄氏封为贞嫔，后晋为贞贵妃，咸丰二年(1852年)册封为皇后。慈安太后从受册封为皇后起，虽然曾短暂居住在西六宫区的长春宫，但从同治亲政，到光绪七年(1881年)暴崩，钟粹宫是慈安太后一生中最重要的居住宫院。同治帝曾到钟粹宫慈安太后前，陪侍午膳。同治十年(1871年)正月初二，同治帝又到钟粹宫问慈安皇太后安，随后奉慈安和慈禧到漱芳斋，侍午膳。
慈安皇后在咸丰十年(1860年)，随帝逃往避暑山庄。转年(1861年)七月，咸丰帝死，她为未亡人，年二十五岁。载淳继位，就是同治帝，两宫并尊：尊慈安为“母后皇太后”、慈禧为“圣母皇太后”，加以区别。因慈安太后住居在东六宫的钟粹宫，俗称慈安太后为“东太后”;慈禧太后住居在西六宫的长春宫，俗称慈禧太后为“西太后”。
慈安太后有三件事被历史记忆，也被后世关注：
第一件是两宫太后垂帘听政。同治帝继位年的十一月初一日，明清政治史上发生一件大事：“两太后御养心殿，垂帘听政。”这不仅是改变清朝祖制，而且是明清皇朝史上的空前之举。第二件是同治八年(1869年)，慈禧大太监安得海出京，山东巡抚丁宝桢将其捉拿，慈安太后立命诛之。第三件是光绪七年(1881年)三月初十日，慈安皇太后在钟粹宫突然崩逝，年四十五。
安得海的死和慈安的死，两者之间，有关联吗？有人、有书说有。
先说安得海的死。《清史稿·后妃传》记载：“同治八年，内监安得海出京，山东巡抚丁宝桢以闻，(慈安)太后立命诛之。”从此慈禧同慈安结下嫌怨。事情经过是：慈禧贴身太监安得海，受慈禧派遣，乘楼船南下，行至山东泰安，山东巡抚丁宝桢密派人跟踪追捕抓获，将其送到济南。安得海言：“我奉皇太后命，织龙衣广东！”丁宝桢上奏朝廷，慈安太后问：“法当如何？”诸臣叩头奏：“祖制太监不得出都门，擅出者，死无赦！”巡抚丁宝桢“弃安得海于市”，丁宝桢杀了安得海，暴尸三天。慈禧当时没有怨恨、报复，反而让他升为总督。为什么？有人分析道：慈禧年轻守寡，传闻同安得海“有一腿”。安得海暴尸三天，公示安得海确是一个太监，从而为慈禧太后洗刷了不白之传言。
再说慈安太后的死。慈安的死，死得突然。《清史稿·德宗本纪》记载：光绪七年(1881年)三月“辛未(初九日)，慈安皇太后不豫，壬申(初十日)，崩于钟粹宫”。人们传说慈安是被慈禧害死的。这是怎么回事呢？慈禧害了一场大病，据说是患“蓐(rù)劳”，《王力古汉语字典》说：“蓐，孕妇生产。”医生薛福辰“说假病、下真方”，用补药，效果好。慈禧病愈，慈安知道慈禧失德，仍置酒感悟她。慈安保存咸丰临终前给她的手谕——内容是如果慈禧跋扈，就用此谕诛之。慈安把这份手谕给慈禧看了，又当着慈禧面烧了。慈禧对慈安的举动既惊讶又感动。
数日后，慈禧请慈安到长春宫，拿出点心招待慈安。慈安有午睡醒后吃点心的习惯，就吃了点心，连说：“好，好！”慈禧说这是她娘家送来的。过了几天，慈禧派人送点心给慈安。慈安吃了慈禧派人送来的点心后，腹痛恶心，遽然死去，年四十五。慈安死后，没等娘家人来就入殓，更加引起人们的猜疑。据载：孝贞(慈安)崩，诸臣皆大惊，抵宫见孝贞已小敛，慈禧坐矮凳上。按惯例，后妃薨，即传戚属入内瞻视后小敛，但孝贞薨，椒房无预其事者。又云：孝贞故喜小食，薨日，慈禧以糕饼进御，逾数时薨。(《述庵秘录》)然而，慈安得的是什么病，慈禧是否害死慈安，慈安是否保存咸丰帝手谕，宫廷诡秘，没有确证。这正给戏曲小说和影视创作留下想象空间，也成为学者难以解开的历史悬案。
常言道：害人之心不可有，防人之心不可无。慈安太后死因悬案，给后人留下点思考。
