很多人误以为， 是清政府烧了少林寺，这是错的。事实上，清代诸帝很关心少林寺，或亲书匾额，或巡游寺宇。乾隆十五年(1750年)，乾隆皇帝亲临少林寺，夜宿方丈室，并亲笔题诗立碑。从清朝白衣殿壁画和文献记载，少林功夫在清朝以来，仍维持着很高的水平。
真正毁了少林寺的，是冯玉祥。
1928年军阀混战，军阀冯玉祥的部下石友三火烧少林寺，把天王殿、大雄殿、法堂和钟楼等建筑被毁于一炬，许多珍贵的藏经、寺志、拳谱等烧成灰烬。
那么，冯玉祥为什么要屠灭少林寺呢？原因因很简单，因为少林寺的主持妙兴为了保护少林寺，并且保护一方平安，投靠了直系的吴佩孚，做了团长。
民国初年少林寺保家为民
少林寺创建于北魏太和十九年（495年），孝文帝元宏为安顿来朝传授小乘佛教的印度僧人跋陀，因此在嵩山少室山建寺。
民国初年，少林寺尚有僧众二百多人，土地一千三百七十余亩，度日艰难。
民国五年(1916年)，有王云华修葺紧那罗殿之举；民国八年(1919年)，寺僧又修缮了白衣大士殿及地藏王殿，但都属小规模的修修补补。
当此之时，军阀混战，武入朝秦暮楚；土匪肆虐，无赖劫夺流窜，寺僧惟以寺宇平安为念。时有云松恒林和尚(1865～1923年)，为寺宇平安做出了贡献，但也由此种下了祸根。
恒林，伊川县宋寨人，俗姓宋氏，光绪初(1875年)人寺燕染。民国改元(1912年)，为登封县僧会司。其参禅之外，又习拳术，武艺高超。因地方不靖，县府便命他为“少林寺保卫团团总”，系地方民团性质。他只好“以菩萨心肠作金刚面目”，购置枪械，训练僧兵，以备不虞。
民国九年(1920年)秋，岁遭旱荒，土匪蜂起。恒林率民团在登封县城、梯子沟、白玉沟等处，与土匪大小数十战，打落“肉票”多人，每次皆获胜利。一次，土匪杆首朱保成、牛邦、孙天章、段洪涛等合伙夜袭巩县鲁庄镇，天将明时被发觉，向西南逃窜。巩县九区民团紧紧追击。匪过偃师府店，偃师县十四区、十五区民团也加入追击队伍。土匪逃至少林寺西熬子坪，遭恒林所率少林寺民团截击，大部被消灭。这次战斗缴获枪支、弹药甚多，皆藏于少林寺内。
恒林因其英勇善战，名声大振。土匪不敢犯境，环寺数十村得以安居乐业。时河南省政府主席张凤台授恒林以奖状、奖章，并向少林寺紧那罗王殿献了“威灵普被”的匾额，以谢神庥。河洛道道尹阎伦如也送了“少林活佛”的匾额，旌表恒林剿匪之功。恒林则谦恭如一，敦睦百姓。
民国十二年(1923年)十月初二日，恒林因积劳成疾去世，春秋五十九岁。次年春，登封、巩县、偃师、临汝四县民众三百余人集资为恒林立碑悼念。
少林寺站队进入直系军阀行列
恒林去世以后，他的弟子妙兴(1891—1927)接任了登封县僧会司及少林寺保卫团团总的职务。
妙兴，字豪文，俗姓金，临汝县谢湾村人，家境贫寒，八岁(1898年)投少林寺恒林为师，自幼学拳习武，技艺超群，绰号“金罗汉”。
民国十一年(1922年)第一次直奉战争时，直系吴佩孚(1873～1939年)部师长张玉山至登封，意在收抚陈青云、任应岐的部队。张玉山手下的河南暂编第四团团长樊钟秀过少林寺休息，见大雄宝殿残破，发心修补，因军务倥偬，无暇及此，暂捐四百圆，预作购买物料之用。寺中大众感激，因而与樊有联络。
次年(1923年)秋，吴佩孚受命为直鲁豫三省巡阅使。张玉山奉命在登封一带收编湖北第一师别动队，其第一旅旅长卢耀堂得知妙兴武功出众，寺内又藏有枪支，便极力拉拢妙兴，后以妙兴为团长，组成第一旅第一团。这样，妙兴就加入了吴佩孚的军事集团。
民国十四年(1925年)二月，豫西爆发了“胡憨之战”。陕西的刘镇华派憨玉琨率军人河南，与河南督军胡景翼作战，争夺中州。胡部樊钟秀派兰世勋运动驻偃师的憨部李慎亚倒戈。当憨部崔继华自密县退却时，妙兴率部队帮助李慎亚攻打崔继华，大大支援了樊钟秀。自此，妙兴与樊钟秀关系更加密切。
军阀斗争惹火上身
民国十五年(1926年)七月，广州革命军开始北伐。九月，冯玉祥(1882～1948年)宣布脱离北洋军阀，参加国民革命。
吴佩孚联合张作霖(1875～1928年)攻打冯玉祥，被北伐军击败。次年(1927年)春，冯玉祥占领西安，配合北伐军合攻河南。二月，妙兴所率第一团奉命开往郑州，又调往舞阳。三月六日，在与任应岐部交战中，妙兴阵亡，年仅三十七岁。六月，遗体由弟子体信运回少林寺，葬于寺东北山坡上。
民国十七年三月，建国军樊钟秀乘冯玉祥的国民军后方空虚，夺占了巩县及偃师县，但不久被冯部将领石友三夺回。樊钟秀南撤，转攻登封县城，其司令部即设在少林寺内。石友三部向南追击，至辗辕关(十八盘)，少林寺僧助樊狙击，终不敌而溃。三月十五日，石友三追至少林寺，遂纵火焚法堂。次日，驻防登封的国民军(冯玉祥部)旅长苏明启，命军士抬煤油到寺中，将天王殿、大雄殿、紧那罗殿、六祖殿、阎王殿、龙王殿、钟鼓楼、香积厨、库房、东西禅堂、御座房等处，尽付一炬，以泄厥愤。至此，千载少林寺之精华，悉遭火龙浩劫！
如果说恒林迫于形势，担任“团总”，保护了寺院及一方的安全，尚可称赞的话，那么妙兴投靠北洋军阀，出任“团长”，参与征战，不但违背了佛寺清规，且引来了少林寺的劫难。
豫西地区，多灾多难。民国十一年(1922年)直奉战争以来，迄无宁岁。火烧少林寺后，接着是蒋冯大战(1929年)、蒋阎冯大战(1930年)。连年战乱、灾荒，民生凋敝，少林寺之破落可想而知。此后的少林寺当家和尚淳朴(巩县回郭镇人)、贞绪(1893—1955，巩县鲁庄乡南村人，俗姓李)等人，只在维系山门而已。
