据台湾学者彭双松先生统计，日本各地与徐福姓名联系在一起的墓、祠、碑、宫、庙、神庄等遗址有50余处，登陆点20余处，传说故事30余个。这些遗迹与传说虽不全是真实的，但也与史实有所关联。
谜团一：徐福东渡是否到达日本？
徐福，也叫徐市，为秦国时一方士，公元前210年徐福奉秦始皇之命往渤海三神山寻找长生不老药，此后便无音信。徐福到底去了哪里？
关于徐福东渡的目的地问题，学术界大多数学者认为徐福率领的船队到了日本，但也有人以为到了舟山岛与台湾，或很可能是朝鲜。
北京大学历史系副教授刘华祝认为，徐福到了朝鲜之说，没有信史为根据，恐难以成立。
徐福等人的初始目的是为了寻觅蓬莱、方丈、瀛洲三神山，与山上求神仙与不死之药，值得注意的是，古今渤海的海域概念是大为不同的。古人所说的渤海就是我国东面的大海，它包括了今天的渤海、黄海，乃至东海。
我国东面的大海中，有今台湾岛、菲律宾的吕宋岛、日本群岛等，徐福究竟去的是哪个岛，司马迁也不清楚。
现在，许多日本学者认为，最早提出徐福到日本定居的，是五代后周的义楚和尚。
刘华祝认为，其实《三国志·吴书·吴主传》中就有徐福去向的记载，文章说，230年，吴派大将卫温和诸葛直去夷洲及亶洲。结果只到了夷洲(今台湾)，亶洲太远，没能到达。并且说亶洲在海中，传言说徐福带领的男女数千人入海到此洲不还。从陈寿的叙述可以断定，亶洲不会是台湾，因为卫温和诸葛直到了台湾;也不会是吕宋岛，因为陈寿说亶洲有人口“数万家”，而吕宋岛至元世组时仍“民不及二百户”;更不可能是舟山岛，因为舟山岛离陆地较近，容易到达。那么，这里的亶洲到底是哪里呢？法国人希格勒的著作《中国史乘中未详诸国考证》中指出亶洲即是日本岛。
其实，在日本的史籍文献中，关于徐福东渡日本的记载举不胜举。日本学者奥野利雄先生考证徐福东渡后主要活动地域在日本九州、熊野一带。据《富士古文书》研究家铃木贞一先生的研究看，徐福是70岁去世的。
据台湾学者彭双松先生统计，日本各地与徐福姓名联系在一起的墓、祠、碑、宫、庙、神庄等遗址有50余处，登陆点20余处，传说故事30余个。这些遗迹与传说虽不全是真实的，但也与史实有所关联。
徐福率数千人到达日本，把中国先进的耕种方式、百工技术与习俗文化等带到了那里，使日本很快由新石器时代跃入铜铁器时代，或曰由渔猎经济的绳纹时代转变为农耕经济的弥生时代，水稻、蚕桑、药物等种植得到了推广，促进了日本经济文化的大发展。在日本民间，徐福被尊称为农神、蚕桑神、医药神便是明证。
由以上论述可以断定，徐福东渡确实到了日本列岛。
谜团二：徐福东渡起航港在何处？
关于徐福东渡的起航港，一直是国内外学者争论的热点，除了日本学者主张的“广东沿海说”与我国台湾有的学者主张的“浙江沿海说”之外，还有大陆学者主张的“江苏沿海说”与“山东沿海说”。
刘华祝认为，徐福东渡起航点的确定，起决定作用的是当地的物质条件，一是经济的发达，二是港口的自然状况。否则，聚集大批的人员，征调大量的物资，建造很多的船只等大规模的准备工作就无法进行。还有港湾也应宽广，并与腹地有便利的交通。
比较而言，具备上述优越条件的，据史书所记，只有当时的琅邪。战国时，楚国灭掉越国之前，越国在琅邪建都已经有一百余年。琅邪曾是一度强大的越国的政治、经济、文化中心。战国中期归属齐国后，它也是齐国都城临淄之外的又一重要的经济文化区域。秦统一后，琅邪作为琅邪郡的治所，其重要地位更加提升了。
琅邪不仅经济条件优越，而且也是战国及后来的秦国著名的海港之一。位于琅琊台下石河入海河段，附近属花岗岩侵蚀性海岸地貌，水深港阔，起航条件好。另外，徐山附近还有大小珠山，琅琊山等，山上有大量的优质木材，具备打造楼船的充足资源。
而且，《史记·秦始皇本纪》明确记载，徐福第一次在琅邪上书后即被就地派遣出海求仙，第二次更是由秦始皇亲自从琅邪送出海的。
谜团三：徐福东渡航线是哪一条？
徐福船队从琅邪航抵日本，经过的航线是哪一条呢？目前学界的“北行航线说”与“南行航线说”最具代表性，“北行航线说”认为，徐率船队从琅邪出发后，沿辽东半岛南、朝鲜半岛西的海岸线，穿过对马海峡，到达日本北九州和歌山等地。“南行航线说”有两种意见：一是从山东半岛的青岛或成山头或之罘横渡大海，经朝鲜半岛南部到达日本九州等地;二是从苏北沿海诸港口(因出发港意见不一)横渡黄海，或至朝鲜半岛穿过济州海峡抵达日本九州，或直达日本。
刘华祝认为，史记对徐福东渡的航线没有具体的提示，我们只能依据当时的造船技术、航海知识、海洋条件，其前后航线的蛛丝马迹，以及考古成果等做出较为合理的论证。
越国历来就具造船与航海传统，自会稽迁都琅邪后，吸收了吴国的造船工艺与航海知识，更进一步促进了琅邪地区造船与航运业的发展。
秦始皇统一全国后，融合了越、吴、齐三个所谓海上强国的造船、航海诸技术，使秦代的造船业与航海业获得很大的发展。秦国在攻打匈奴时，即从沿海的琅邪等地征调粮食经渤海船运入黄海，以应黄河以北前线之急需。这证明秦代的造船与航海技术具备了一定的远航能力。
早在战国时期，我国即开通了一条经朝鲜半岛到达日本的航海线。齐威王、宣王和燕昭王时，就有不少齐燕方士入海寻三神山，去求仙人与长生不死药，方士的入海地多在碣石或山东半岛，入海后可能有至朝鲜半岛南部或倭人居住地的。汉武帝时，曾发生从山东半岛发楼船击匈奴事，其所经之地就是前述北行航线到朝鲜岛西岸之一段。距此事之前110年的徐福东渡，最大可能也是走这一航线。
刘华祝说，北行航线上海岛相望，航船可随时就近避风浪，补充淡水、食物等，安全系数大。而南行航线由于当时还没有罗盘，远海航行的导航只能靠日月星辰或目视，船的动力也只有靠海风吹送或人摇橹，横穿黄海的危险性大，成功率低。而且，这一航线的开通只是南朝以后的事。
日本人宫泰彦了也曾指出：“日本海有一种左旋之回流，利用此种回流，可以由朝鲜南部古辰韩地方到达日本山阴。中、朝、日的古代使者曾在这条航线上往来了近千年。北行航线沿岸不断出土有战国时燕齐的刀币，还有青铜剑、青铜戈、铜铎等，说明战国时已开通此航道。
