1402年6月，朱棣率“靖难”大军攻入南京，建文帝下落不明，不久后朱棣正式登基称帝，改年号为永乐。燕王朱棣是通过靖难起事夺取皇位，以武力非法夺取了建文帝政权，社会上流言四起。为此朱棣任用亲信纪纲统领锦衣卫，以加强对社会舆论的监督。但纪纲横行霸道，肆无忌惮，渐渐脱离朱棣的掌控，竟欲篡权谋反。东厂设掌印太监一员，为最高长官，全称职衔为：钦差总督东厂官校办事太监，简称为提督东厂，部属尊称其为“督主”或“厂公”。东厂初设时提督东厂之职由司礼监掌印太监兼任，后因事务繁杂，改由司礼监秉笔太监中位居第二、第三者担任。此外东厂还有掌班、领班、司房等职务，人员不定。
东厂的掌刑官并不是太监，而是用锦衣卫的千户、百户担任。其中有掌刑千户一人，理刑百户一人，也称之贴刑官。至于那些“基层办案人员”，也全部来自锦衣卫，“轻黠獧巧者乃拨充之”。役长也叫“档头”，“帽上锐，衣青素衤旋褶，系小绦，白皮靴”，专门负责侦查。档头手下有“番子”数人，专门从事抓捕、拷问。
正德元年，以刘瑾为首的“八虎”专权乱政，刘瑾命人杀死东厂太监王岳，命丘聚代之，又设西厂以命谷大用。他们广派侦查人员，东厂的侦缉范围甚至扩大到了全国，连“远州僻壤，见鲜衣怒马作京师语者，转相避匿”。东厂番子在京城活动，谋取私利，他们常常罗织罪名，诬赖良民，之后就屈打成招，趁机敲诈勒索。朝廷官员也遭到迫害，“御史柴文显、汪澄以微罪至凌迟，官吏军民非法死者数千”。此时的东厂才“威名远震”。
崇祯帝即位后，立即将魏忠贤处置，但他并未将东厂废除，反而任命“王体乾、王永祚、郑之惠、李承芳、曹化淳、王德化、王之心、王化民、齐本正等相继领厂事，告密之风未尝息也”。1642年御史杨仁上疏建议废除东厂，崇祯帝依旧没有采纳，反而为东厂辩护。1644年3月备受崇祯帝信赖的太监打开彰义门，北京城陷落，崇祯帝自缢，大明王朝灭亡，而建立224年的东厂也宣告灭亡。
东厂原本是皇帝为巩固皇权所建立的特务机构，但却最终成为宦官专权的工具。更加讽刺的是，在东厂大堂内悬挂着岳飞的画像，提醒着东厂的缇骑办案毋枉毋纵，而且堂前还竖立着一座“百世流芳”的牌坊，实在是可笑之极。
