国共内战时期，陈先生任教于北平清华大学，并兼中央研究院历史语言研究所第一组(历史)主任。1948 年12 月北平被围，15 日与北大校长胡适之等乘专机南下。次年1月16 日搭轮船离上海，19 日抵广州任岭南大学教授。虽其至亲俞大维(妹夫也是亲表弟，时掌国民政府交通部)、挚友傅斯年(也是亲表妹夫，台湾大学校长)，一再敦促就途，而中央研究院历史语言研究所的图书文物与大部人员也均已迁台，陈先生却留居广州未来台湾以迄辞世。
当年陈寅恪先生离开北平但不往台湾而南下广州的原因大致有三：
一、陈先生对国民党政府并无好感，也不满抗战时期国民党欲控制学界的做法。这在陈先生的的诗和他友人的书信、日记里都写得清楚。而陈先生对共产党可能亦有戒心，故随胡适之同机离平。他在1948 年《寄下孝萱》时中有“淮海兵尘白日阴，避居何地陆将沉”句。1949 年元月自上海乘船至广州后之感赋诗有“避地难希五月花”句，而该年阴历新正的《己丑元旦作时居广州康乐九家村》诗也有“避秦心苦谁同喻，走越装轻任更贫”之句，在在表示是希望找一“避秦”之地，免受战乱之苦。
二、1948 年年底，除东北和华北外，大部分地区仍在国民党政府控制之下。当时一般人认为很可能最后是“划江而治”，以长江天堑为界，国民党在南，共产党在北，广州远在南方可为避秦之地。而台湾，因“二二八”事件时，不少外省人遭祸，曾导致甚多人对台湾印象不佳，不愿赴台工作。台湾大学则自光复建校以来，问题极多，积弊太深，庄长恭校长自1948 年6 月就任半年“一事无成而已心力交瘁”，于12 月7 日请病假返沪，可能最初傅校长亦无把握能将台大办好，故未力邀陈先生来台。
三、当国共内战之时，经济混乱，物质缺乏，货币贬值，教育经费短缺，教授生活清苦。例如，据《陈寅恪先生编年事辑》记载：1947 年“是岁寒甚。清华各院住宅本装有水汀，经费短绌，无力供暖气，需住户自理。先生生活窘苦，不能生炉火。斥去所藏巴利文藏经及东方语文各书，如《蒙古文蒙古图志》、《突厥文字典》等等，卖与北京大学东方语文系，用以购煤。闻仅装火炉而已。”可见生活之困难。岭南大学为教会学校，陈序经校长又向华侨募得美金港币若干，故经费较国立大学充裕，能付给陈先生颇优之待遇。而且陈先生及夫人都有心脏病，医生说宜住南方暖和之地，因此去了岭南大学。
陈先生为什么不愿离开广州呢？陈先生到了岭南之后，时局急转直下。蒋介石下野，共产党军队尽占江北之地。清明日陈先生有诗云：“楼台七宝倏成灰，长江天堑安在哉？”果如他所料，和谈破裂，江阴要塞司令弃守，共产党军队4 月23 日渡江，5 月28 日进驻上海，8 月已逼福建。同时，美国又颁布《白皮书》宣称放弃国民党。
