抗战胜利，内战即开始。1946年春夏之间，国共双方在吉林军事重镇四平街展开一场大规模的阵地战。双方正在拉锯之际，蒋介石派白崇禧于5月17日飞往东北督战，指挥杜聿明，并其部下新六军、新一军、七十一军攻下四平街，又继续进攻长春。林彪部队守不住，往松花江北岸哈尔滨方向撤退。
白崇禧飞回南京，向蒋介石报告战况，主张国民党军队乘胜追击，占领哈尔滨、齐齐哈尔、佳木斯等城市，彻底拿下东北。当时孙立人率国军部队新一军，已经追过松花江北岸，抵达双城，离哈尔滨不足100公里。毛泽东下令林彪准备弃守哈尔滨。 6月6日，蒋介石下令停战(史称第二次停战令)。林彪遂有机会整军反击，东北形势逆转。
很多国民党人都对四平街的胜利和此后的战势逆转耿耿于怀，认为东北情况影响了整个国共内战的结果。白先勇(白崇禧之子)曾撰文详细阐述东北战事，他认为，蒋介石单方面下令停战有两个原因：一个是美国方面希望国共和平，组织联合政府，马歇尔一直从中调停，给蒋介石施压要求停战，甚至几次上广播表示，要是不听话就断绝美援：另一方面蒋介石本人也存在判断错误，他以为林彪已经溃不成军，没有战斗力，停下来再打还能打赢，没想到解放军很快反击成功。
1948年4月，李宗仁当选“副总统”，5月白崇禧由国防部长改任“华中剿匪总司令”。白崇禧上任后坚持“守江必先守淮”，建议将“华中剿总”设在紧靠南京的蚌埠，在徐州、蚌埠之间的江淮山岳地带，运用攻势防御，坚持长期作战：同时指出中原必须统一指挥，不能分割使用，提出山东、河南、江苏、安徽、江西五省联防。
任命发表时，白崇禧“五省联防”的设想并未实现，蒋介石将华中战区一分为二，“华中剿总”设汉口，徐州另设一“剿总”，刘峙任总司令，白崇禧的设想被全盘打乱。他更认为徐州易攻难守，不适合做指挥中心，刘峙也不是一流战将，直接下了判断：“中原大军分割使用，将来必败无疑！ ”鉴于此，白崇禧没有接受任命，避走上海。后因蒋介石派多人到上海敦促，才勉强到汉口上任。
1948年10月，淮海战役(国民党方面称 “徐蚌会战”)尚未开始，因国民党军队在东北失利，何应钦、顾祝同等在南京召开军事会议，希望自崇禧能出面统一指挥汉口徐州两个“剿总”。
据白先勇回忆，10月30日白崇禧由汉口飞回南京，当天看起来还颇有信心，第二天忽然拒绝接受统一指挥权。白崇禧发现徐州“剿总”早已把国军主力的几个兵团部署在以徐州为中心的陇海铁路及津浦铁路线上，各一字排开，成为一个“死十字”，徐州平原无险可据，一旦开战极易为敌军攻破，战事迫在眉睫，要重新迁动几十万大军已无可能。加上徐州“剿总”的部队将领邱清泉、黄伯韬、李弥等人都是蒋介石的黄埔爱将，白崇禧此前和他们并无渊源，难以指挥。
白先勇对父亲 “拒绝指挥”的评价是：“十月卅日晚父亲所作的决定，拒绝指挥徐蚌会战，可能是他一生中最艰难，但事后看来也是最明智的一次抉择……徐蚌会战，乃国共内战最后决胜负的一仗，成败责任非父亲一人所能担当。事后看来绝非仅仅是军事，他作这项决定，需要极大的勇气与智慧。徐蚌会战，国军溃败，折损60万大军。如果当初一开始蒋介石便采用父亲‘守江必先守淮’，设‘剿总’于蚌埠，由父亲统一指挥策划，恐怕战争结果不致如此。父亲拒绝指挥徐蚌会战，蒋颇不谅解。 ”
两岸都有史书称，国民党军队在淮海战役中失利，蒋介石嫡系部队损失几近殆尽，蒋数次命令白崇禧出兵救援，白“按兵不发”，“蒋愤掷电话筒、掀桌，痛骂粗话”。
白先勇认为，这一段历史是外界对父亲白崇禧最大的误解：“两岸各自有各自的史观，大陆这边的历史会是国民党反动派内讧;台湾那边，徐蚌会战失败，蒋介石要负最大责任，但是国民党的历史也不好讲，要找个‘替罪羊’，说我父亲按兵不动。但是父亲派了黄维军团12万人去，援助徐州、淮海战役，半路被拦截，黄维被俘虏，这些都是史实。别人都说他徐蚌会战冷眼旁观，按兵不动，让蒋介石失败，完全不是这回事。我父亲怎么会看着国民党败呢？覆巢之下岂有完卵，这么简单的道理他不知道吗？ ”
1954年3月，台北“第一届国民大会第二次会议”上，湖北代表但衡今提案弹劾白崇禧，重点是指控徐蚌会战白 “按兵不动”，不救援徐州。白崇禧书面答辩如下：“华中辖区奉命调往增援徐州部队计：黄维兵团所属之十八军(胡琏)、八十五军(吴绍周)、第十军(熊绶春)及整编第二师(师长何竹本)，皆为华中最精锐之部队，由信阳、确山地区向蒙城方面增援。又二十军、二十八军两个军，亦由汉口地区由长江赶运浦口驰援，另辖区仅有之一个战车营亦随往参战。计兵力五个军一个整编师，乃系华中主力，均系增援徐蚌，几乎全部牺牲。 ”
白先勇如此描述白崇禧答辩的场面：“在‘光复大陆设计委员会’上，父亲亲自上陈，一一答辩，干余‘国大代表’给予热烈掌声，公道自在人心。 ”
