1936年12月，张学良，杨虎城两位将领在12月12日的凌晨对蒋介石发动了兵谏。蒋介石被捕，国内党内部群龙无首，南京乱作一团，究竟应该采取怎样的应对措施，成为南京政府的当务之急。当时何应钦的职务是国民政府军政部长，掌管全国陆军行政事务，由于兵权在握，何应钦的位置显得至关重要。
何应钦得到消息以后，马上把考试院院长戴季陶、吴稚晖，还有熊斌找到家里，研究形势商讨对策，还以情况不明封锁了所有的消息，所以很多国民党的高官不知道究竟西安发生了什么。在何应钦家中召开的这次碰头会上，面对张杨扣押蒋介石的“叛逆”行为，何应钦主张一定要以讨伐的方式来营救蒋介石，以此维护国民党的纪律和威严，何应钦的意见后来得到了一些黄埔系中的少壮派的大力支持。主战派与主和派代表双方唇枪舌劍争论不休，参会代表们决定速到国民党中央党部召开正式会议。会议从12日的深夜12时一直开到了13日的凌晨3时，最后由于何应钦等人掌握了会议的主导权，初步决定：“张学良撤职查办，军队归何应钦调遣。”就在何应钦俨然成为南京政府轴心的时刻，一个人的到来让局势开始发生变化。
13日清晨7时，蒋夫人宋美龄在姐夫孔祥熙的陪同下从上海飞抵南京，与何应钦“讨伐”西安的主张对立，宋美龄的态度是主张和平谈判。由于早年的留日经历，加上何应钦与日本方面一直往来密切，如果西安事变以“容纳抗日力量”作为条件得以和平解决，那么他的地位必将受到打击。因此，从这一角度来看，他反对宋美龄“和平谈判”的主张也有着复杂的考虑。在双方辩论的同时，何应钦在部分国民党元老及黄埔系少壮派的支持下，力主明令讨伐西安，并出任“讨逆军”总司令，迅速组织大规模的陆军沿陇海线一路向西进发。而困在西安的蒋介石，对这一切并不知情。由于日本方面对联合抗日政策的恐慌，在蒋介石被困，日本十分紧张的时刻，何应钦十分清楚，必须要考虑设法稳住日本。于是何应钦“令空军只轰炸渭南、富平、三原和赤水车站，进抵西安示威即可”。这样一来既可以稳住日本，又可以对西安方面施压，等待营救蒋介石的最佳时机。然而，就在何应钦忙于调兵遣将的时候，一封蒋介石的手谕却打乱了他的部署，在这封电报中，蒋介石写道”敬之吾兄，闻空军昨日在渭南轰炸，望即停止……”
12月22日，宋美龄，宋子文和戴笠一行于飞抵西安，第二天国共双方的谈判正式开始，经过两天谈判，西安事变在双方努力下终于得到圆满解决。蒋介石顺利登上了返回南京的飞机，张学良随机陪送。1936年12月26日中午12时，何应钦与国民党中央各要员倾巢出动，到机场欢迎蒋介石的归来。早在1927年，国民党实现宁汉合流，蒋介石第一次宣布下野前，假意召开了一个意见征求会，会上何应钦没有和他站在同一战线上，这件事给蒋介石留下了深刻的印象，事后蒋介石也曾抱怨：当时只要何应钦一句话，我是可以不走的。到后来，蒋介石复职，文官武将们纷纷发来拥戴电，唯独何应钦第一军的拥戴电迟迟未到，作为蒋介石的嫡系军队，何应钦的反应如此之慢，让蒋介石大为光火，甚至说出：没有我蒋中正就没有你何应钦”这样措辞严厉的话来。听闻蒋介石发火之后，何应钦才赶紧补发了拥戴电。在建立黄埔党军之时，在校长的职位下面，总教官的职务非常重要。在人选上，蒋介石深思熟虑，认为何应钦能当此重任。当时黄埔军校内部甚至流传着“蒋何并重”一词，形容的就是何应钦当时的重要地位。
蒋介石与何应钦早年在日本留学的时候开始相识，两人是相差一届的同学，回国参加革命之后，一起在陈其美手下工作。到后来创建黄埔军校时候，两个人的关系从同学，同志，变成了此时的“安危同仗，甘苦共尝”的战友，尤其是经过战争考验的情谊，让两人的关系变得更加紧密。在棉湖之战中，蒋介石的指挥所被陈炯明的军队包围，何应钦是亲自率领他的警卫部队直接杀入了敌阵里边，最后在关键的时候转危为安，既救了蒋介石也救了他自己。之后何应钦跟着蒋介石，在他夺取党政军大权这个过程当中，都做了蒋介石的坚强的军事后盾，何蒋的关系就是这样建立起来的。
当日本宣布接受《波茨坦公告》的胜利消息传到南宁，正在前线指挥所准备反攻广州的何应钦，兴奋的手足无措。很快，何应钦接到蒋介石的密电，蒋介石命令他迅速制订在中国战区受降的方案。于是何应钦马不停蹄飞往各战区紧急部署抢夺抗战胜利果实，并准备着手制定垄断受降的一整套方案。1945年9月9日，南京中央军校大礼堂，中国战区受降签字的仪式在这里正式举行。何应钦自“九·一八”事变以后，一直被认为是国民党内妥协亲日派或积极反共的代表人物，而蒋介石却偏偏选中了他主持受降大典，在很多人看来，这一次何应钦出尽了风头。
自1931年东北爆发“九·一八”事变以来，何应钦秉承蒋介石“攘外必先安内”的方针，在华北与日军进行了一系列的妥协交涉，饱受国人指责，替蒋介石背了“亲日”、“叛国”的黑锅。这次蒋介石让何应钦主持受降，也算是对何应钦的一种政治补偿。在蒋介石心中，没有人比何应钦更懂得自己对日本“以德报怨”政策背后，企图拉拢日本的真实意图。由于何应钦的事先安排，在进入受降大典之前，冈村宁次私自将代表缴械投降的指挥刀交由参谋带给何应钦，让受降典礼上没有了递交指挥刀这一项议程，不仅如此，在当天的受降典礼上，当日本的中国战区参谋长小林浅三郎呈递投降书时，因手离身体较近，何应钦不得不屈身向前，在这张官方照片里，中方看起来比日方来得恭敬，一时间引起民众的轩然大波。
受降大典之后，何应钦受蒋介石之命，负责起日本战犯的处理工作，然而他却公然采取“宽大”政策。他下令调配当时中国船舶运力的百分之八十，增配火车，不惜停止国内民用运输，在短短十个月内“奇迹”般的完成了侵华日军和日本残余侵华人员的全部遣返工作。这种处理战犯的做法，也都是蒋介石的意思。抗战胜利之后，步步紧随蒋介石的何应钦，已经成为国民党军黄埔嫡系的二号人物，位列陆军一级上将，在政治生涯中也得到了蒋介石给予的种种荣光。然而，尽管何应钦与蒋介石小心相处，两人之间的矛盾还是不可避免。
1946年6月，国民政府军事委员会被撤消，另外成立国防部，二级上将陈诚被任命为国防部参谋总长，原本掌握军队实际管理的何应钦不得不接受新的工作岗位，受命调往美国，任联合国安理会军事参谋团团长。1949年1月，国民党的败局已定，蒋介石决定第三次下野，李宗仁如愿成为代总统。然而，蒋介石在溪口暗自架设电台，对国民党实行远程的遥控。国民党内部军政大员仍对蒋介石唯命是从。万般无奈下的李宗仁想到了曾在蒋介石第一次下野时，与自己合作过的何应钦，或许他能够帮自己扭转局面，于是李宗仁亲派飞机去上海接何应钦。面对李宗仁的邀请，何应钦婉言拒绝，随后携妻女于杭州“避寿”。本以为躲开了李宗仁的何应钦，此时却忽然收到蒋介石的亲笔信，在信中蒋介石劝他应该听从李宗仁的劝说，出任行政院长一职。在得到蒋介石的认可之后，第二天何应钦就宣布正式就任行政院长。担任行政院长的何应钦，面对风雨飘摇的时代格局，同样无能为力。在1949年的大撤退中，何应钦于1949年底追随从蒋介石，一起逃亡台湾。
到了台湾以后，原来蒋介石的一干铁杆部下们，除了陈诚一枝独秀，包括何应钦在内的一大批高官，都被安置在国民党“总统府战略顾问委员会”这个冷衙门。此时的何应钦，名义上是蒋介石的最高军事咨询顾问，实际上却成了蒋介石顾得上就问，顾不上就不问的闲人。无论是天赐长寿，还是自求多福，生命都是有限的。1975年蒋介石在88岁的高龄上去世。这一年，何应钦85岁，送走蒋介石之后，他又经过了一段孤独的岁月，1987年十月21日，终因心肺衰竭，结束了他97岁的漫长一生。从1949年败退台湾开始，终其一生，何应钦再也没能踏上大陆的土地，没能回到自己魂牵梦萦的故乡。
