袁世凯镇压了“二次革命”后，于10月6日出任民国第一任正式大总统，11月4日，他又以“叛乱”罪名下令解散国民党，驱逐国会内国民党籍议员。由于人数不足，国会无法运作，不久即被解散。
变成专制总统的袁世凯，到1915年，竟然冒天下之大不违做起了皇帝，称为洪宪帝政。由于蔡锷等人反对，袁世凯在蔡锷发动的“护国战争”中被迫摘下皇帝的帽子，并于1916年6月6日死去。他分化了的北洋军阀，仍然掌握统治大权，继续实行独裁。
为维护临时约法，恢复国会，联合西南军阀共同反对北洋军阀的独裁统治，孙中山回到中国，领导掀起了“护法战争”，组织护法政府并就职为“大元帅”。
因为实力有限，西南军阀又各打自已的算盘，在与操纵中央政府的直系军阀勾结后，便处处排挤孙中山。孙中山愤然辞职，在挫折和失败后，从俄国的十月社会主义革命和五四爱国运动中看到了新的希望。
1919年，孙中山改组中华革命党为中国国民党，担任总理;1920年，应成功击退盘踞广州一带桂、滇两系的陈炯明邀请重回广州。
1921年，广州非常国会取消军政府，选孙中山为大总统(习惯上称为非常大总统)，开始第二次护法运动。
由于与主张“暂缓军事、联省自治”的陈炯明产生激烈冲突，1922年6月，孙中山的总统府遭到陈炯明炮击，被迫回上海。
这时候，绝望中的孙中山遇到了共产党。从1922年8月起，中国共产党派人多次同他会见，苏俄特使越飞多次同他会谈，使孙中山真诚地接受国际工人阶级和中国工人阶级的帮助，开始了他一生中伟大的转变。
1922年9月，孙中山着手改组中国国民党。1923年，孙中山第三次在广州建立政权，成立陆海军大元帅大本营，复任大元帅。
1924年1月，孙中山在中国国民党第壹次全国代表大会上，宣布实行“联俄、联共、扶助农工”三大政策，接受中国共产党和苏俄共产党帮助，改组国民党。并于3月组建黄埔军校，任命蒋介石为校长。
1924年10月23日，冯玉祥在北京发动北京政变，推倒大总统曹锟，邀孙中山北上共襄国事。此时，孙中山健康已急转直下，但为了国家的前途，他毅然北上。
孙中山抵京入住北京饭店后，1925年1月即开始病发。1月26日，被确诊为肝癌，在协和医院接受手术。
1925年2月18日，他移至行馆接受中医治疗，3月11日，自知不起，临终时由夫人宋庆龄扶腕，在汪兆铭所代笔的《总理遗训》《致苏联政府书》及亲笔书写的《家事遗书》上签下了他孙中山的名字。
政治遗书：“余致力国民革命，凡四十年，其目的在求中国之自由平等。积四十年之经验，深知欲达到此目的，必须唤起民众，及联合世界上以平等待我之民族，共同奋斗。现在革命尚未成功。凡我同志，务须依照余所着《建国方略》、《建国大纲》、《三民主义》及《第壹次全国代表大会宣言》，继续努力，以求贯彻。最近主张召开国民会议及废除不平等条约，尤须于最短期间，促其实现。是所至嘱！”
致苏联遗书：“苏维埃社会主义共和国大联合中央执行委员会亲爱的同志：我在此身患不治之症。我的心念，此时转向于你们，转向于我党及我国的将来。你们是自由的共和国大联合之首领，此自由的共和国大联合，是不朽的列宁遗产与被压迫民族的世界之真遗产。帝国主义下的难民，将藉此以保卫其自由，从以古代奴役战争偏私为基础之国际制度中谋解放。我遗下的是国民党，我希望国民党在完成其由帝国主义制度解放中国及其它被侵略国之历史的工作中，与你们合力共作。命运使我必须放下我未竟之业，移交于彼谨守国民党主义与教训而组织我真正同志之人。故我已嘱咐国民党进行民族革命运动之工作，中国可免帝国主义加诸中国的半殖民地状况之羁缚。为达到此项目的起见，我已命国民党长此继续与你们提携。我深信你们政府亦必继续前此予我国之援助。亲爱的同志！当此与你们诀别之际，我愿表示我热烈的希望，希望不久即将破晓，斯时苏联以良友及盟国而欢迎强盛独立之中国，两国在争为世界被压迫民族自由之大战中，携手并进以取得胜利。谨以兄弟之谊祝你们平安！”
家事遗书：“余国尽瘁国事，不治家产。其所遗之书籍、衣物、住宅等，壹切均付吾妻宋庆龄，以为纪念。余之儿女，已长成，能自立、望各自爱，以继余志。此嘱！”
最后，孙中山断断续续又说出了七个字的国事遗言：
“和平……奋斗……救中国！”
