公元1908年，光绪帝驾崩于涵元殿，死的时候年仅38岁，对于这个短命的皇帝，民间纷纷传闻光绪帝是被毒死的，只是光绪死在深宫中，帝王之死向来隐晦，真凶到底是谁并没有明确的说法。话说戊戍变法的时候，袁世凯辜负了光绪帝的信任，向慈禧告密，导致戊戍变法失败，光绪帝从而被软禁起来。光绪帝痛恨袁世凯，在慈禧一行人西逃的时候，光绪帝就在纸上画了一只乌龟，将纸条贴在墙上，并用竹弓射之，但是还不解恨，取下之后用剪刀剪碎，发泄心头之恨。关于光绪之死，有一个说法是袁世凯担心慈禧死后，光绪帝找他“秋后算账”，便借进药的机会，将光绪毒死。而这件事在溥仪写的《我的前半生》中也提到过，说明是袁世凯送的药。而且，光绪帝临终的时候，用手在空中画了“斩袁”两个字。
如此讲来袁世凯确实有作案动机，但是如果说光绪帝被他毒死却有些说不过去。因为清宫皇帝用药的制度十分严格，开药方、煎药、送药等环节都有严格的规定，袁世凯不可能随便送药进宫。就算能进药也要经多道检验，岂能随随便便就拿给皇帝喝？要毒死皇帝，那可不是一件简单的事情，袁世凯要承担的风险很大，他不会拿自己的性命做赌注的，再者要是一个皇帝随随便便就被毒死，那岂不是成了大清的笑话，这简直有损大清国体。
另有传说说是慈禧毒死了光绪帝，当时慈禧重病在床，有人向慈禧报告，说是皇帝听到太后生病，面露喜色，慈禧很是生气，说道：“我不能死在你前头。”当代国家大师启功曾听闻曾祖父溥良讲述慈禧和光绪帝的事情：“慈禧得的是痢疾，从病危到弥留之际拉的时间较长，在宣布西太后临死前，我曾祖父看见一个太监端着一个碗出来，出于职责，就问这个太监端的是什么，太监说是老佛爷赏给万岁爷的‘塌喇’，‘塌喇’在满语中是酸奶的意思。当时光绪帝被软禁在中南海，之前没有听说过他有什么急症，隆裕皇后始终在慈禧这边忙活。但不久之后，隆裕皇后的太监小德张向太医院宣布光绪帝驾崩，接着这边的屋里才开始哭起来，表示太后已死。
本来溥良是这件事情亲身经历者，他的回忆具有较高的可信度，但是这段回忆却有一些漏洞，不足为信。首先，描述光绪帝的病情不对，当时他身患重病，朝廷多次向全国征求名医，光绪帝的病情朝野皆知，不可能是“之前没有听说过他有什么急症。”再者，宣布光绪帝死亡的人和地点不对，按溥良所说，宣布光绪帝死亡是隆裕太后的太监小德张，但小德张当时是慈禧身边的太监，慈禧死后，才成为隆裕太后的太监，而且小德张没有理由跑到紫禁城外的太医院宣布光绪帝死亡的消息，他应该在仪鸾殿宣布才合理。因此这段口述历史可信度不是很高。而据历史记载的说法，光绪帝是正常病死，记录他本身体质就很弱，患有遗精病将近20年，前几年每月遗精十几次，后来更是严重，冬天的时候腿部经常冰凉，而且头疼，腰酸背痛，耳鸣。
光绪帝成年后身体一度好转，虽说有遗精、腰酸背痛的症状，但是用药的次数相对下降，可惜这种情况持续时间不长，病情又加剧恶化，让他患上严重的神经官能症、关节炎等疾病，导致了他早亡，而他的病连外国人都知道。光绪帝对自己的病情也十分着急，一再指责御医们无能，朝廷的御医们无计可施，就发布谕令广招名医入宫为光绪帝治病，一大批名医入宫为皇上治病，但是无论用什么药，皇帝的病根本不见效，光绪帝的病到了无可救药的地步。
在光绪帝生命最后的时光，他胸闷气短，咳嗽不断，全身疲倦，神志不清，靠良药吊着，后来进入弥留之际，四肢僵硬，白眼上翻，牙关咬紧，药汁不入，陷入昏迷状况，终于光绪帝咽下最后一口气。从现代医学的角度看，光绪帝死于肺结核，肝脏，心脏等器官衰弱疾病。光绪帝死于疾病无疑，但是有一位叫屈桂庭的西医写文章，说是最后一次为光绪帝诊病的时候，本来光绪帝已经好转，但是突然恶化，肚子剧痛，不过三天就驾崩。然而这件事并没有任何档案记录，随着屈桂庭去世，他的记述得不到证实。
无论光绪帝是正常死亡还是被毒死，他的死终究和慈禧逃脱不了关系。光绪帝表面看是个皇帝，很是风光，却孤苦无依，他四岁的时候就继位，一个四岁的孩子本来是天真无邪，爱玩的时候，他却要在冷清的深宫里面，就算是他的母亲也不允许和他见面，从小就和生母分离，这对他幼小的心灵产生极大的危害。他每天都要到慈禧面前请安，慈禧没有让他站起来，他就得一直跪下去，慈禧稍有不满意便令他长跪不起，一见面便对他加以教训，光绪帝见到她就好比老鼠见到猫，胆战心惊。
宫里那些太监也是极为势力的人，他们知道这个皇帝是个傀儡皇帝，在给他做的饭菜当中，大多数都是发出臭味的馊饭，光绪帝每餐都吃不饱，更别提吃好了。有时候他想吃点什么，让御膳房做，根本没有人理睬，导致他身体营养不良。那些山珍海味，慈禧身边的宫女尚且能一饱口福，光绪帝反而一点都吃不到，做皇帝做成这样，何其悲哀！光绪帝常年得不到关爱，身体本来就不强壮的他更加虚弱，成年后的他，其婚姻生活又收到慈禧的干涉，他根本没有权力选择自己所喜爱的妃子当老婆，他最喜欢的爱侣珍妃死后，他的精神世界也随之崩溃。
光绪帝被囚禁在瀛台，完全成为一个傀儡皇帝，此时他更加懦弱，每当慈禧召见大臣，他在一旁陪坐，却不许开口，只有慈禧问他话时，他才低低问道：“外间安静否？年岁丰熟否？”每次都是这两句话。
光绪帝身体虚弱，精神又饱受摧残，这一切加剧他的病情，导致他英年早逝，如果不是慈禧这个老太婆，光绪帝很有可能是一个极有作为的皇帝，可惜他生不逢时，从某种程度上来说，他确实是被慈禧害死的，慈禧是光绪帝死亡的罪魁祸首！
