1863年，曾国荃率湘军攻陷雨花台，水师也进泊护城河，天京(今南京)被合围。紧接着，1864年6月，洪秀全因病逝世。
洪秀全逝世后，李秀成辅佐幼天王洪天贵福，带领三四千名战士又坚守了天京一个半月。湘军在靠近太平门的城墙根下开始偷偷地挖掘地道，埋设炸药。7月19日，湘军引爆了炸药，将城墙轰倒20余丈，由缺口处蜂拥而入。尽管太平军连续组织了几次反击，但均未成功。
湘军冲入天京后，随即展开了一场疯狂的烧杀、掠、淫的大竞赛。“见人即杀，见屋即烧，子女玉帛，扫数悉入于湘军”;致令“秦淮长河，尸首如麻”。
烧：湘军一进城就到处放火。冲到哪里火就烧到哪里。及至当时傍晚时分，全城已经变成一片火海，“烟起数十道，屯结空中不散，如火山，紫绛色。”湘军除用火作为进攻的武器外，还用火作为灭迹的手段。每次当他们抢掠完一处王府或民宅后，便随即付之一炬。这场大火自天京陷落之日起，此落彼起地一连烧了七、八天，直到27日下了一场大雨才被浇灭。大火过后，南京城内十之八九的房屋被烧掉，各种著名的建筑物和文物古迹几乎毁坏殆尽。所以现存的不少古建筑物，都是后来修建的。
杀：这是湘军入城后的“主要任务”。他们首先要杀害的是在城内仍继续进行坚决抵抗的太平军战士，其次是老百姓。但被杀害的太平军战士毕竟有限，因为破城时，天京城内能作战的太平军只有三四千人，他们一部分在巷战中英勇牺牲，一部分在混乱中冲出天京，另一部分千余人在李秀成带领下为保护幼天王突围了，所以被杀的绝大部分都是平民百姓。其实，攻陷天京的当天晚上，湘军就基本上控制了整个城市。虽然有几个王府仍在进行抵抗，并一直继续了四五天，但总的说来战争状态已经结束了。可是，这场大屠杀却一直持续了10余天。
杀人的动机各不相同，但主要是为了达到抢劫财物和奸淫妇女的目的。关于这场屠杀，赵烈文(曾国藩的心腹幕僚)当时在他的日记中曾有过记载。他说，城破5日之后，仍然是“尸骸塞路，臭不可闻”;又说“计破城后，精壮长毛除抗拒时被斩杀外，其余死者寥寥。大半为兵勇扛抬什物出城，或引各勇挖窖，得后即行纵敌。城上四面缢不老广贼匪不知若干。其老弱本地人民不能挑担又无窖可挖者，尽情杀死。沿街死者十之九皆老者，其幼孩未满二三岁者亦斫戮以为戏，匍匐道上。妇女四十岁以下者一人俱无，老者无不伤，或十余刀，数十九，哀号之声达于四远。其乱如此，可为发指。”
那么，湘军入城后，到底杀了多少人呢？据英人吟唎在《太平天国革命亲历记》中说：大约有3万多人，且都是无辜的男、女、儿童。曾国荃自己称为邀功请赏而虚报数字，但城破后被杀的人当数以万计。
抢：对于天京的财物，湘军是垂涎已久的。他们围困天京以来，宁可忍受缺粮乏饷的煎熬冒着酷署苦战，一个重要的原因，就是盼望破城之后好大发一笔横财，因而一进城就开始了肆无忌惮的抢劫。他们先挖王府，再挖地窖，接着就挨家逐户地搜抢居民财物，直到掘坟盗墓，甚至连不少建筑物上的木料也被拆下来，从高墙上吊出，装船运回湘南。为了抢掠财物，他们残杀了大批的居民。在抢劫的过程中，士兵之间也不断发生争斗。城破10余日内，街上经常出现湘军士兵成群结队火并的情景。不仅攻城部队横行无忌，四出抢劫，连留在城外看守营寨的老弱兵勇也空营而出，入城参加抢劫。甚至负责警卫曾国荃司令部的兵勇和各棚长夫厮役等非作战人员也都进城搜刮财货，肩挑手提，成群结队，一日往返数次。有些文员幕客，因为是文人，没有参加抢掠，但看到士兵们个个腰缠手提，又很眼红;于是纷纷用低价争购士兵抢来的赃物。“各员自文案以至外差诸人，则人置一簏，有得辄开簏藏纳，客至则侧身障之，丑态可掬。”
淫：湘军在烧、杀、抢的同时，还肆意糟蹋妇女。他们随意闯入民宅奸淫妇女，光天化日之下，公然在大街上拽曳青年女子，“哀号之声不忍闻”。凡40岁以下的妇女，几乎全被他们奸淫或掳掠回湘南贩卖。一时长江上下，到处是湘军满载赃物和妇女的船只，在震天动地的哭骂声中押向湖南。许多老年人为救护自己的女儿或儿媳，许多幼儿因哭喊着和妈妈难舍难分而遭杀。天京浩劫的制造者和罪魁祸首是曾国藩和其胞弟曾国荃及其亲信将领。他们在整个过程中，不仅不对部下的胡作非为稍加制止，而且不少人还都亲自参与。曾国荃“也子此中获资数千万”，“除报效若干外，其余皆辇于家。”
经过这样的浩劫，天京几乎变成一片废墟。满目残墙断壁，遍地破砖烂瓦。连曾国藩自己也不得不承认说，自五季之后生灵涂炭殆无逾于今日。李鸿章署理两江总督后，面对这幅残破景像也感到“善后无着手”，说“一座空城，四周荒田”，“无屋、无人、无钱是管，葛居此亦当束手”，似居百年之后度旧。其残破可想而知。
