在多尔衮和皇太极之间，一直有着许多传闻，诸如努尔哈赤的大妃、多尔衮生母是被皇太极假传遗嘱害死的;皇太极的爱妃庄妃与多尔衮关系非同一般等等。皇太极与多尔衮的矛盾不可调和，事实究竟怎样？
也许多尔衮聪明，也许多尔衮长得可人，皇太极对这个同父异母的兄弟格外关爱。在执政的17年中，皇太极对他十分信赖，并委以重任。
天聪二年，多尔衮16岁，他随皇太极征蒙古林丹汗的察哈尔部，表现十分英勇，皇太极在庆功宴会上特意表奖之，赐号墨尔根代青;天聪五年，大金国始设六部，皇太极任命他掌管六部之首的吏部;天聪九年，他奉命率岳、萨哈廉、豪格等人赴蒙古找寻林丹汗之子，出色地完成了任务，携玉玺归金，立下大功。再次受到皇太极的嘉奖;天聪十年，他被封为睿亲王;崇德三年，他被任命为奉命大将军，率军征明，比他大十二岁的阿巴泰为副将。大军深入明朝腹地，纵横于河北、山西、山东，攻克城池40余座，俘获25万人，拿下了号称中原第一大镇的济南，活捉了明朝的一个亲王。清军第一次深入明朝腹地，便取得了重大胜利，动摇了明朝的统治根基，意义十分重大。多尔衮再次受到嘉奖。
皇太极对多尔衮的错误也毫不留情。崇德五年，多尔衮奉命围困锦州，因围困时间太久，将士皆有思家情绪，他竟私自将大军后撤三十里，并下令让各旗牛录回沈阳轮流休息，结果，给祖大寿以喘息之机，延误了破城时间。皇太极立即将他撤回，责其在盛京外的喇嘛寺反省，不许进城。多尔衮认识到了错误的严重，认罪道：“臣以敌兵在锦州，松山，杏山三城，皆就他处牧马。若来犯，可列番抵御。是以遣人归牧，治甲械。旧驻地草尽，臣倡议移营就牧，罪实在臣。”皇太极痛斥道：“朕爱尔过于群子弟，赐予独厚。今违命如此，其自议之。”多尔衮自己提出按军法当死，皇太极免其死罪，罚银一万两，夺其二牛录，革去亲王爵位，降为郡王。皇太极见多尔衮对自己的错误有了认识，方允许他进城。但进城后不让他去衙门办公，多尔衮想当面谢罪，皇太极也不给机会。在范文程的说情下，皇太极才勉强原谅了他。后来，多尔衮在松山大战中立了功，皇太极才又恢复了他的亲王称号。
多尔衮与庄妃在皇太极活着的时候，是否有非正常关系？答案是肯定的，没有。如果真有的话，皇太极眼线众多，众目睽睽之下，还能不被发现吗？他的下场不会比阿敏和莽古尔泰好。庄妃也许就是第二个阿巴亥。皇太极死后，多尔衮和庄妃的关系有哪些变化，且存而不论，那是一段真正的历史疑案，想说也说不清楚。
多尔衮没有后人，传说他有一子一女，但都没有明确记载。弟弟多铎将一个男孩过继给他，多尔衮的后人都是这个过继的儿子留下的。多尔衮一案直到了乾隆时期才得以平反昭雪，乾隆评价他秉公持正，深明君臣大义，为史册所罕见。并提出一个观点，如果多尔衮想谋逆的话，彼时兵权在握，什么事做不成？所谓谋逆，实是小人陷害。多尔衮得以恢复亲王称号，王位世袭，成为清代八大铁帽子王之一。
