多尔衮在摄政时期用强权压制下去的各种矛盾在他死后不久便一下子暴露出来。各种矛盾交织在一起，相互冲突，相互利用，清王朝的政局在多尔衮死后一个多月内，发生了天翻地覆的变化。为何死后遭到顺治帝的清算？
顺治七年秋天，多尔衮患病。据说是膝盖受了伤，他用了不该使用的石膏敷治，结果使病情加剧（《北游录》）。为了调治疾病，也为了改善心情，十一月中旬他率领诸王贝勒及大批八旗官兵到塞外打猎行乐。塞北寒冷的气候和行猎时过度的劳累，使多尔衮此行再也没能回到北京。十二月初九日，他病死在喀喇城，时年三十九岁。
多尔衮死后各种矛盾的升级。首先是皇帝本人与摄政王的矛盾。多尔衮摄政时，顺治帝福临尚小，而到顺治七年时，他已经成长为一个十三岁的少年了。身为皇帝却无权力，这对福临来说，当然是件无法长期容忍之事。摄政王一死，福临必然要真正操起皇帝的权力。其次是以济尔哈朗为首的一批在摄政期受压的诸王与多尔衮的矛盾。那时他们慑于多尔衮的威望和权力，不敢有所表现，然而却从没有放弃他们那种保守落后的政见。多尔衮之死无疑是他们聚集起来，夺回失去的权力的绝好机会。另外，深受多尔衮信任与重用的一些大臣，此时也会为保住自己在摄政期间得到的权力而拼搏。
多尔衮一死，他的亲信罗什、额克苏、鳌拜等人，即利用他的葬事大做文章。先是安排了隆重的迎灵仪式。十二月十七日，多尔衮的灵车运回京城。顺治帝与诸王大臣身着丧服到东直门五里以外迎候。从东直门到玉河桥，凡是灵车经过的地方，都有跪着哭丧的官员。公主福晋以下的命妇，则身着丧服聚集在睿王府大门内跪哭。灵车到达东直门外，顺治帝亲执玉爵为灵车敬酒，奠祭摄政王。这天夜里，满朝文武又都受命到睿王府中去守灵。接着，罗什等人又要求以皇帝的葬礼安葬了多尔衮。即使这样，他们还怕多尔衮死后的地位不牢，十二月二十五日，又通过顺治帝之口追尊多尔衮为“懋德修道广业定功安民立政诚敬义皇帝”，其元妃为“义皇后”，并把他们的牌位供在太庙。他们以为这样一来，就能使多尔衮这个护身符永远存在了。
与此同时，保守派的济尔哈朗等人，利用顺治帝要亲掌大权的迫切心情，也开始了一连串的活动。他们首先命大学士刚林等到摄政王府收回了象征权力的印符、赏功册，接着就开始削减多尔衮的军事实力。摄政时期，多尔衮将清王朝的主要军事力量交给了自己的亲信、同母兄弟英亲王阿济格与豫亲王多铎。他们是多尔衮推行其政策的重要军事支柱。当时多铎已先多尔衮一年病死，对济尔哈朗等人威胁最大的，就只有阿济格。阿济格是一个妄自尊大的莽夫，摄政时期，自恃有战功，曾向多尔衮提出封自己为“叔王”的要求，但被拒绝。多尔衮死后，阿济格又想扩充自己的势力与诸王抗衡。他以多尔衮生前曾说过“不满养子多尔博，而想让阿济格之子人自己亲辖乙正白旗”为由，企图吞并正白旗。阿济格的这些思想和行为，遭到正白旗多尔衮旧部的反对。他们之间的矛盾，被寻找机会铲除阿济格的济尔哈朗等人看在眼里。于是他们联名上疏，告阿济格对摄政王不敬，轻而易举地给他定了罪，剥夺了他手中的军权，将他逮捕、削爵、幽禁、抄家，并将其诸子皆黜除宗室，赏给仇家为奴。
顺治八年正月十二日，福临亲政。于是多尔衮原来的亲信一看形势有所变化，有些就投到济尔哈朗的门下。此时，原多尔衮与多铎分别统辖的正白旗与镶白旗已成无头大雁，阿济格又成了阶下囚，济尔哈朗等人认为时机已成熟，于顺治八年二月上疏，指控多尔衮“显有悖逆之心。臣等从前俱畏威吞声，不敢出言。是以此等情形未曾人告。今谨冒死奏闻，伏愿皇上速加乾断”（《清实录》）。
在济尔哈朗等人的奏折中，为多尔衮拟了下述主要罪名。一、顺治帝即位时，诸王立下誓言，由多尔衮与济尔哈朗联合摄政。但多尔衮“背誓肆行，妄自尊大”，剥夺了济尔哈朗摄政的权力，反立自己的同母兄弟为“辅政叔王”。二、多尔衮所用仪仗、音乐、侍从，与皇帝无异，所盖王府形同皇宫，并私用皇帝御用八补黄袍、大东珠数珠及黑貂褂等殉葬。三、散布皇太极称帝是违背太祖本意而系夺位的流言。四、逼死肃亲王豪格，迎纳豪格之妃。
追黜多尔衮是顺治帝亲政后处理的第一件大事，他所采取的措施与他对多尔衮的敌视态度直接相关。他本来就痛恨多尔衮的独断专行，见奏折中提到逼死豪格一事就更为恼火。豪格是皇帝的大哥，又是开国元勋，只因反对多尔衮就被罗织罪名整死，这在顺治帝看来是不可饶恕的罪行。因此，他不顾一个月前曾亲自为多尔衮追封过“义皇帝”的尊称，断然下令将多尔衮“削爵、撤庙享、罢谥号、黜宗室、籍财产人宫”（《清史稿·多尔衮传》）。
瞬息之问，清王朝发生了令人瞠目结舌的巨大变化。专权多年的赫赫功臣多尔衮，死后尚不到两个月就成了千古罪人。无疑，这是清人关后发生的第一场宫廷政变。多尔衮被贬黜，势必会让济尔哈朗等保守势力有所抬头。看起来这是多尔衮推行高度封建化政策的失败，但实际上却并不完全如此。这些符合历史发展趋势的政策所产生的巨大惯性，使历史的车轮仍然继续向前滚动。
功罪自有评说
多尔衮以摄政王的身份，全力处理国家的政治经济事务。同时，他还不得不陷于各种各样错综复杂的矛盾斗争中。由于明末党争激烈，清初又大量引用旧人，因此明末党争积弊在清初政局中反映出来，并与满洲贵族内部矛盾纠缠在一起。从顺治二年（1645）开始，以弹劾冯铨案形成了南北党争的中心内容。是年七月，浙江道御史吴达上疏弹劾阉党余孽，矛头直指冯铨及其党羽孙之獬等，紧接着，给事中许作梅、庄宪祖等亦纷纷上疏支持吴达。高层官员中如洪承畴、金之俊等均是南方人，大概不会支持冯铨。多尔衮考虑到冯铨这些人死心塌地效忠于满洲贵族，如果处罚了他们，朝中南方官员得势，于清朝统治可能发生不利影响。所以过了十天，多尔衮仍未表态。但出于对稳定整个形势的考虑，他终于决定支持冯铨一派，在朝中公开申斥了龚鼎孳，仅将李森先革职，而对其他人并未深究。
从根本上说，多尔衮并未压制某一派、支持某一派。同时，也将冯铨一派的孙之獬革职，永不叙用。多尔衮只是通过双方的斗争更好地利用他们，借此达到他以汉治汉的目的。虽然汉人的党争会影响到政局，但对多尔衮利害关系更大的是八旗内部的勾心斗角。由于皇太极死后争位的余波未息，豪格显然是多尔衮最需严加防范的政敌。还在顺治元年四月，豪格就对何洛会、杨善、俄莫克图等人发泄对多尔衮的不满。后来还屡次说多尔衮不是有福之人，没有几天的寿命。多尔衮自然对他怀恨在心，先后派他征山东、攻四川，尽管取得大捷，但并没有给予应得的奖赏，反而找借口处罚了正黄旗干将鳌拜等，最终幽禁了豪格。没有多久，豪格便死于狱中。这样，主要政敌正黄旗势力群龙无首，谭泰、拜尹图、巩阿岱、锡翰、冷僧机又被多尔衮拉了过去，剩下几个强硬分子图赖、索尼、鳌拜等，都遭到了残酷打击。
多尔衮也不遗余力地分化中间派。豪格死后，所领正蓝旗已转给多铎，旗中宗室博洛也已被多尔衮拉了过去，封为端重亲王，成为摄政末期理事三王之一。正红旗中代善家族已经衰落，满达海和勒克德浑被多尔衮所笼络，且长年在外打仗，至摄政末期才参预议政。一旦犯了小错，还要受到多尔衮的惩罚。镶红旗是不同势力的混合体，一方面是代善系统的罗洛浑、喀尔楚浑等，但年轻而逝，构不成威胁。另一方面是皇太极系统的硕塞和褚英的后代，前者已被多尔衮笼络，后者多是一勇之夫，尼堪也因投靠多尔衮而受到提拔。镶蓝旗的济尔哈朗倒是个潜在的威胁，也被多尔衮几次打击，连辅政王的职位都被多铎取代了。
多尔衮真正依赖的后盾还是自己兄弟的两白旗，在扩充势力方面他也是下了些功夫的。在入关前后的战争中，他多次让阿济格和多铎充任主帅，就是让他们功勋卓着，地位难以动摇。多铎是个文武全才，很受多尔衮重用，顺治四年七月任辅政王，成为多尔衮的左膀右臂。但多铎并不像人们想象的那样紧跟多尔衮，有时还颇受多尔衮的斥责，特别是顺治六年多铎死于出痘，使多尔衮一派的力量不甚稳固。阿济格是一勇之夫，脾气暴躁，容易坏事，多尔衮不敢十分重用。然而，尽管他们互相之间有龃龉，有矛盾，在对付外来势力时却是团结一致的。就这样，多尔衮一方面分化中间派，一方面狠狠打击异己，使他在错综复杂的矛盾中始终立于不败之地，而且逐渐闯出了一条通向巅峰之路。
顺治元年十月，多尔衮被封为叔父摄政王后，俸禄、冠服、宫室之制均超过一般亲王。据说他的府第“翚飞鸟革，虎踞龙蟠，不惟凌空挂斗，与帝座相同，而金碧辉煌，雕镂奇异，尤有过之者”。顺治二年五月，根据赵开心的建议，多尔衮称“皇叔父摄政王”，重新规定了各项仪注，如跪拜等等，几同于皇帝。顺治四年，他又根据群臣的意见，元旦朝贺时不再对福临跪拜。到顺治五年十一月，又“加皇叔父摄政王为皇父摄政王，凡进呈本章旨意，俱书皇父摄政王”。至此，他的权势地位已达到无以复加的程度。多尔衮大权在握，“凡一切政事及批票本章，不奉上命，概称诏旨。擅作威福，任意黜陟。凡伊喜悦之人，不应官者滥升，不合伊者滥降，以至僭妄悖理之处，不可枚举。不令诸王、贝勒、贝子、公等入朝办事，竟以朝廷自居，令其日候府前”。
随着权力的迅速增长，多尔衮个人的生活穷侈极欲日益发展。顺治二年时就曾想仿明制为己选宫女，后来还“于八旗选美女入伊府，并于新服喀尔喀部索取有夫之妇”。他曾逼朝鲜送公主来成婚，但发泄欲望之后，又嫌其不美，让朝鲜再选美女，搞得朝鲜国内鸡犬不宁。他又于顺治七年七月下令加派白银二百五十万两，在承德修建避暑之城，还亲临其地勘察，不料竟死在这里，工程才告停顿。
多尔衮身体一直欠佳，据他自己说，是在松山大战时劳神太多而种下的病根。而入关之后，他“机务日繁，疲于裁应，头昏目胀，体中时复不快”。他自己也知道“素婴风疾”，即患有脑血管病。顺治七年十二月初九日戌时，多尔衮病死在边外喀喇城。噩耗传到京城，福临下诏为他举行国丧，“中外丧仪，合依帝礼”。国丧之后，他被追尊为“懋德修道广业定功安民立政诚敬义皇帝”，庙号成宗。顺治八年正月十九日，又将多尔衮夫妇同祔于太庙，二十六日，福临正式颁诏，将尊多尔衮夫妇为义皇帝、义皇后之事并同祔庙享之事公诸于众，并覃恩大赦。
但是，多尔衮死后不久，其政敌便纷纷出来翻案，揭发他的大逆之罪，首先议了阿济格的罪，然后恢复两黄旗贵族的地位，提升两红旗的满达海、瓦克达、杰书、罗可铎等。白旗大臣苏克萨哈等见势头不对，也纷纷倒戈。在这种形势下，先兴罗什等五人狱，然后便正式宣布多尔衮罪状，追夺一切封典，毁墓掘尸。接着，当权者又接连处罚了刚林、巴哈纳、冷僧机、谭泰、拜尹图等。多尔衮多年培植的势力顷刻瓦解。
多尔衮死后两个月，突然从荣誉的顶峰跌落下来，完全是统治阶级内部矛盾斗争的结果。但是，多尔衮对于清皇朝所立下的不世之功也绝不是政治对手们的几条欲加之罪所能掩盖的。顺治十二年正月，吏科副理事官彭长庚、一等子许尔安分别上疏，称颂多尔衮的功勋，几乎句句在理，但被济尔哈朗骂了个狗血喷头，流放宁古塔充军。迟至一百年后，乾隆帝当政时，发布诏令，正式为多尔衮翻案，下令为他修复坟茔，复其封号，“追谥曰忠，补入玉牒”。如此铁案又再度被翻了过来。到此时，有清一代对多尔衮的评价算有了定论。
多尔衮一生多妻无嗣。其正妻为蒙古科尔沁台吉吉桑阿尔寨之女，即敬孝忠恭正宫元妃。又有继福晋佟佳氏、扎尔莽博尔济吉特氏、科尔沁博尔济吉特氏（拉布希西台吉之女）、科尔沁博尔济吉特氏（索诺布台吉之女，即原豪格的福晋）、朝鲜李氏，还有妾察哈尔公齐特氏、博尔济吉特氏、济尔莫特氏、朝鲜李氏，前后共有六妻四妾，仅生一女，名东莪，多尔衮倒台后给与信王多尼，以后命运不详。其养子多尔博是多铎之子，后归宗。
纵观多尔衮的一生，功大于过，不失为一个值得肯定的人物。有史学家认为，没有多尔衮就不可能有大清王朝268年的历史，他是中国最后一个封建王朝的缔造者，是中华统一版图的杰出奠基人。因位宠功高，擅权过甚，死后遭到顺治帝的被清算，相反乾隆帝为多尔衮恢复名誉后，仍以多尔博四世孙淳颖承袭睿亲王爵，一直传到民国初年。
