遗传疾病
做试管婴儿本身也会使试管婴儿自身的健康受到很大的影响。如果精子的质量和来源没有保障，那么在做试管婴儿时就很有可能会将存在缺陷的染色体遗传给胎儿的情况，这种情况的发生会严重影响直观婴儿长大后的健康，大大增加了先天性疾病的发病风险。
抵抗力弱
试管的孩子可能在带他们的过程中会比较累，特别是两个都是试管婴儿，他们在12岁之前要特别注意，试管婴儿普遍的在12岁之前身体都不是特别的好，特别是抵抗力，没有自然受孕的小孩好，不能让他们感冒，出汗时要用毛巾给他们隔着，尿裤子了，记得要迅速的给他们换裤子或者尿布。
有缺陷
即使排除掉人工受精导致多胎现象的可能性，单胞胎试管婴儿出生时体重过轻或者带有缺陷的风险很高。因为在人工受精时需要将卵子从女性体内暂时取出，然后将其放在试管里与精子混合以使其结合，或者直接将精子注射进卵子里面，外界的因素会对精子和卵子的结合产生影响。
通过人工受精这种再生生殖手段怀孕的婴儿，在出生后一年内被诊断出有严重生理缺陷的几率比自然怀孕的婴儿患有严重生理缺陷的几率高两倍”。
伦理问题
其伦理问题一直在影响着各个不同意识形态的家庭，也是难以意识估量的。做试管婴儿可能会存在伦理道德问题。这是因为地下的精子库不规范会大大增加人工授精的伦理问题。如果有些机构对精子没有严格把关，就会出现精子来源不明的情况，而这种情况的发生也会无法保证试管婴儿的质量。
