一、胚胎因素
胚胎或胎儿的染色体异常是早期流产最常见的病因，约占50%～60%，而中期妊娠流产中约占1/3，晚期妊娠胎儿丢失中仅占5%。染色体异常包括数目异常和结构异常，其中数目异常以三体居多，常见的有13、16、18、21和22三体，其次为X单体。结构异常引起流产并不常见，主要有平衡易位、倒置、缺失和重叠及嵌合体等。除外遗传因素，感染、药物等因素也可以引起胚胎染色体异常。若发生流产，多为空孕囊或已退化的胚胎。少数至妊娠足月可能娩出畸形儿，或有代谢及功能缺陷。
二、母体因素
全身性疾病：孕妇患全身性疾病，如严重感染、高热、严重贫血或心力衰竭、血栓性疾病、慢性消耗性疾病、慢性肝肾疾病及高血压等，均可能引起流产，其中慢性疾病、生殖道感染、营养不良等可导致流产的发生。而生殖道的特异性感染，如弓形虫(TOX)、细菌感染、病毒感染、沙眼衣原体感染、支原体等感染，不仅可以作为单一因素诱发流产，也可与其他因素并存而增加自然流产的发生率。
生殖器官异常：①子宫畸形，尤其是子宫纵隔、单角子宫、双角子宫、鞍状子宫等畸形可因宫腔不宜着床宫颈容积变小，子宫适应能力下降或血液循环不良而影响胚胎发育及孕卵植入而导致早期流产。②无论是流产清宫术，产后胎盘残留清宫或刮宫术等手术，对宫颈的损伤极大，可能引起宫颈粘连，或由于频繁扩张宫颈及造成宫颈撕裂或急产、产钳、胎头吸引产时造成宫颈撕裂，使子宫腔变形或子宫内膜异常，影响胎盘形成，胎儿难以生长而导致流产的发生。
内分泌异常：产妇内分泌失调也是导致自然流产的重要因素。如黄体功能不全、雌孕激素分泌减少，没有为孕卵着床提供良好的内膜环境而影响胚胎在子宫内的正常发育，引起早期流产;胎盘分泌的绒毛膜促性腺激素、胎盘泌乳素、孕酮、雌酮等激素偏低或甲状腺功能低下、糖尿病等疾病都能引起自然流产的发生。
强烈应激与不良习惯：妊娠期无论严重的躯体(如手术、直接撞击腹部、性交过频)或心理(过度紧张、焦虑、恐惧、忧伤等精神创伤)的不良刺激均可导致流产。孕妇过度吸烟、酗酒，过量饮咖啡及吸毒也会导致流产。
免疫功能异常：妊娠后由于母体和胎儿免疫不适应而导致母体排斥胎儿导致流产。正常妊娠时母体对滋养层细胞抗原就有免疫反应,若母体血清中缺乏阻断因子或阻断抗体时，则易发生流产。临床上在妇女准备怀孕前应做血型抗体、抗心磷脂抗体、抗卵巢抗体、抗子宫内膜抗体、抗精子抗体等检查，如有此类免疫因素存在，应待因素消除后在妊娠，并针对病因进行治疗。
三、父亲因素
男性生殖器官炎症，如睾丸炎、附睾炎等可导致精子质量下降，使精子形态、数量、活动力、畸形率改变而使胚胎异常导致自然流产。除此之外，男性无症状的菌精症也可导致自然流产，其临床表现为无症状的男性生殖器官感染，但实验室检查可发现精液中存在一定数量的病菌，如沙眼衣原体、解脲支原体等，这些病菌可随着精子活动而干扰精卵结合与着床，也可以破坏血睾屏障，发生免疫反应，产生精子抗体，最终导致流产。
四、环境因素
过多接触放射线和砷、铅、甲醛、苯、氯丁二烯、氧化乙烯等化学物质，以及噪声、过度劳累和剧烈运动也是引起自然流产的因素。
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