裂口氧化
红薯若是不小心碰伤或撞伤，使得其所含的乳汁流出来，这样也可能出现有黑色斑点的情况。因为乳汁中含大量多酚类抗氧化物质，与空气中氧结合，就会形成黑色斑点。这种斑点的红薯对健康无影响，可削掉后食用。
愈伤处理后的黑斑
红薯采收后，加工业者还通常会将地瓜块根放置于温度29-30度、湿度90-95%的环境下4-10天，使地瓜块根表皮之伤口，形成黑色木栓层，就像人体皮肤受伤会形成结痂形一样，这个过程称为愈伤处理，可延长红薯的储藏时间，而愈伤处理后也会在红薯表面形成黑斑，这种所形成的黑斑对人体也不会有伤害，食用时削掉即可。
感染了黑斑病菌
红薯长有黑斑可能是感染了黑斑病菌所致，这样的红薯表皮有褐色或黑色斑点，或干瘪多凹，薯心变硬发苦。这样的红薯不管是生的还是熟的都不能继续食用，以免引起中毒。
