1、科属区别。蝙蝠鱼和魔鬼鱼虽然都是鱼类，不过它们所属的纲和目都是不同的。蝙蝠鱼是属于硬骨鱼纲的，是一类硬骨鱼；魔鬼鱼则是软骨鱼纲的，属于软骨鱼。从具体的科目来看，蝙蝠鱼是鮟鱇目、蝙蝠鱼科的，而魔鬼鱼则是燕魟目、鲼科的，又被称为“蝠鲼”。
2、外观区别。蝙蝠鱼和魔鬼鱼是不同的两种鱼，仔细观察的话它们的外观差异是比较大的。比如它们的嘴巴就是不同的，蝙蝠鱼的吻部非常尖锐，也非常突出；魔鬼鱼的嘴巴则不同，它们的嘴巴非常宽大。另外从整体来看体型也是不同的，蝙蝠鱼的身体形状是三角形的，魔鬼鱼的身体则是菱形的。
3、体型区别。蝙蝠鱼和魔鬼鱼的体型也是不同的。蝙蝠鱼的体重在1.4吨左右，而魔鬼鱼的体重则可以达到3吨，身体长度可以达到8米。因此，可见二者相比还是魔鬼鱼的体型稍微大一些。若是具体到单独的个体，则是不太一定的。
