1、体色不同。花鲢腹部呈白色或灰黄，背部和头部呈苍黑色，整体来说颜色要深，体两侧散布有黑色的斑点；而白鲢则体两侧为银白色，只是背部有一些青黑色。
2、头部不同。花鲢的鱼头占鱼身的比重大，甚至于有些花鲢的鱼头会接近半个鱼身大小。反观白鲢鱼头则较小。
3、腹棱不同。一般的鱼从腹部到肛门处都有一条硬的梗，水产学上称之为腹棱，花鲢的腹棱仅从腹鳍基部至肛门处有，而白鲢的腹棱则自胸鳍下方直至肛门，这个是最直观的分辨方法。
4、鱼鳃不同。两种鱼在鳃部是有很大区别的，虽然都是滤食性的鱼，花鲢鳃部的鳃耙较稀疏，自然环境下花鲢主要以浮游动物为主；而白鲢其鳃耙较花鲢的要密不少，而且十分发达，主要以浮游植物为主。
