蜥蜴是变温动物，在热带生活的蜥蜴，由于气候温暖，可终年进行活动。在温带及寒带生活的蜥蜴于冬季进入休眠状态，表现出季节活动的变化，在特别炎热和干燥的地方，也有夏眠的现象，以度过高温干燥和食物缺乏的恶劣环境。
蜥蜴的变色能加很强，特别是避役类（Chamaeleons）以其善于变色获得“变色龙”的美名。我国的树蜥与龙蜥多数也有变色能力，其中变色树蜥（Calots versicolor）在阳光照射的干燥地方通身颜色变浅而头颈部发红，当转入阴湿地方后，红色逐渐消失，通身颜色逐渐变暗。蜥蜴的变色是一种非随意的生理行为变化。它与光照的强弱、温度的改变、动物本身的兴奋程度以及个体的健康状况等有关。
许多蜥蜴在遭遇敌害或受到严重干扰时，常常把尾巴断掉，断尾不停跳动吸引敌害的注意，它自己却逃之夭夭。
这种现象叫做自截，可认为是一种逃避敌害的保护性适应。自截可在尾巴的任何部位发生。但断尾的地方并不是在两个尾椎骨之间的关节处，而发生于同一椎体中部的特殊软骨横隔处。这种特殊横隔构造在尾椎骨骨化过程中形成，因尾部肌肉强烈收缩而断开。软骨横隔的细胞终生保持胚胎组织的特性，可以不断分化。所以尾断开后又可自该处再生出一新的尾巴。再生尾中没有分节的尾椎骨，而只是一根连续的骨棱，鳞片的排列及构造也与原尾巴不同。有时候，尾巴并未完全断掉，于是，软骨横隔自伤处不断分化再生，产生另一只甚至两只尾巴，形成分叉尾的现象。我国壁虎科、蛇蜥科、蜥蜴科及石龙子科的蜥蜴，都有自截与再生能力。
大多数蜥蜴是不会发声的。壁虎类是一个例外，不少种类都可以发出宏亮的声音。蛤蚧鸣声数米之外可闻。壁虎的叫声并不是寻偶的表示，可能是一种警戒或占有领域的信号。
多数种类蜥蜴系卵生，一般于夏季产卵于温暖潮湿而隐蔽的地方。卵数由一二杖到十几枚不等。卵的大小与该种个体的大小有一定的关系。壁虎科的卵略近圆形，卵壳钙质较多，壳硬而脆。其他各种蜥蜴的卵多为长椭圆形，壳革质而柔韧。
有的蜥蜴卵在母体输卵管后段（“子宫”）就开始发育，直到产出仔蜥，叫做卵胎生。石龙子科中不少种类为卵胎生，其余各科蜥蜴多为卵生。同一属中有的种类为卵生，另一些种类则为卵胎生。譬如南蜥属中多线南蜥为卵胎生，多凌南蜥为卵生。又如滑蜥属中两个相近种秦岭滑蜥为卵胎生，而康定滑蜥却为卵生。我国特产动物鳄蜥在当年年底仔蜥就在母体输卵管内发育成熟，但延滞到第二年5月才产生母体外。解剖怀孕后期的鳄蜥，成熟仔蜥已无卵黄，而母体输卵管壁布满微血管网。可能发育后期的仔蜥依靠母体提供营养，应属于少数胎生蜥蜴之一。
