目前种植水草所采用的基肥（底肥），依据品牌、营养成份不同各有差异，但都有一个共同点，就是使用的有效期。无论是哪个品牌的水草基肥都会在一定时间后，因营养被生长过程中的水草大量吸收的消耗而失去作用，一般情况下，根据品牌的不同以及水草种植情况的不同，这个有效期一般在1-2年内。
在基肥失去作用的情况下，大量靠添加液肥或者以锭状肥料追肥，并不能取代、补充基肥所发挥的作用，可能还会造成诸如藻类蔓延的隐患。所以，在维护水草良好生长的同时，我们也必须注意基肥的有效期。
但是，目前尚未有任何有效而简单的方法可以准确判断出水草基肥是否失效，这是因为水草基肥含有多种营养成份，所以基肥失效是一种综合性的判断问题，就势必通过水草不同时期的生长状态以及通过水质测量分析才能确定，从而得知基肥是否失效。
一旦基肥失效，处理起来就不是一件很容易的事情，就只能将水草从水族箱中完全清理出来，再将底砂清洗，去除失效基肥以及水族生物排泄物等造成的沉淀物，然后重新布置水族箱。
这样的操作就如同新缸初设一样，但不必过于担心会对水草造成损耗，大部份水草对新的环境适应能力都很强，只要新环境的条件能够满足水草的生活以及生长需求，多数水草会很快恢复正常生长状态，而不必过于担心会伤害水草的元气，因此，在重新布置以后，水草景观很快就会恢复，而且长势会比在没有基肥作用的情况下好得多。
但需要注意：由于底砂全面清洗，将导致砂床上聚集的硝化菌受到彻底破坏，此时若同时更换过滤系统中的全部滤材，将直接导致生物过滤系统彻底丧失，而不能分解由杂质产生的大量有害物质--氨，而可能导致水质中的氨含量超过安全界限，造成鱼类中毒死亡的严重后果。所以，在重新布置好水族箱的同时，需要即时补充添加硝化菌，快速恢复生物过滤的性能，从而稳定水质。
