36岁以后，蔡元培看到清朝已不可救药，决意参加革命，他在上海一边办学、办报、办刊物，一边以翰林的身份学习造炸弹、参加暗杀团，这是今天的人们无法想象的。我们现在能想象一个中科院院士亲手去制造炸弹、搞暗杀、搞革命吗？由于蔡元培在革命党人中的威望，他先后被推为第一任光复会会长、同盟会上海主盟人。辛亥革命之后，他成为中华民国第一任教育部长那个时候叫教育总长。新的教育体制，就是在他手里奠定的。但由于他跟袁世凯、北洋军阀之间的矛盾，没做多久就辞职了。
当时的教育次长是湖南人范源濂，一个很出色的教育家，他们两人偏重不同。范认为小学没有办好，怎么能有好中学？中学没有办好，怎么能有好大学？所以第一步就要先办好小学。蔡元培的意见是，没有好大学，中学师资从哪里来？没有好中学，小学师资从哪里来？所以第一步是要把大学办好。把两个人的意见合在一起，从小学到大学都要用力整顿。只是他们二人一个兴趣侧重于普通教育，一个兴趣在于高等教育。
1916年底，也就是袁世凯呜呼哀哉之后，蔡元培应邀回国，出任北京大学校长，拉开了他人生最辉煌的序幕。这一幕比他的革命生涯比如造炸弹都要辉煌。正是他把北大办成了学术自由的摇篮、百花齐放的园地。现在还可以看到当时的任命书是总统黎元洪签署的。
谁都知道，蔡元培是个革命党，黎元洪和北洋军阀政府竟然敢请他来做北大校长。当时的北大乌烟瘴气，很腐败，被外界叫做“官吏的养成所”，是一个培养官僚的学校，不是研究学问更不是传播真理的地方。很多朋友劝他不要去接这个烂摊子，他还是去了。孙中山是支持他去的，并把他看作北方文化教育界极为重要的革命棋子。他自己怎么想呢？他的主要想法是要把北大办成一所真正的大学，真正的大学就是以学术为中心，上大学不是升官发财的阶梯。
他进入北大提出了自己的办学方针，就是有名的八个字：兼容并包，思想自由。
