雍正期间有两件大案：年羹尧案、隆科多案，以往有种说法，年羹尧、隆科多都为雍正篡位出了力，所以最后被杀人灭口，这个说法不对，隆科多确实卷入了继位事变，可年羹尧没有，康熙驾崩时，年羹尧正担任川陕总督，并不在北京，当然，他配合皇上接管了允禵的兵权，但这并没牵涉到见不得人的密谋，不存在杀人灭口的动机。
年羹尧确有军事才干，接管西北军权后，他打了一次漂亮的战争，一举平息青海叛乱，雍正给他写的朱批极其肉麻，称他为“恩人”，什么“朕实不知如何疼你，方有颜对天地神明也”，让人觉得很失态。
清史学家孟森说雍正这么“满嘴胡柴”，必是心里有鬼，其实这倒冤枉雍正了，雍正就是这种古怪性格，倒不一定是故意灌米汤想害谁，比如雍正夸起鄂尔泰来一样肉麻：我关心你，比关心我的儿子还厉害;你跟我分手的时候，我都哭了，这又如何解释？
雍正重用年羹尧，无非是想通过他掌控军权，雍正刚执政时，官僚系统对他抱有一定敌意，雍正需要突出军队方面的力量，年羹尧平定青海后，雍正更以此武功压制文官系统。
年羹尧凯旋回朝时，雍正下令公卿大臣郊迎跪接，这种礼仪太出格了，史家大多认为这是雍正要宠待年羹尧，其实他无非是想借此挫辱官僚系统，以军方压制他们而已，雍正这么做的后遗症很大，他原本以为年羹尧是藩邸旧人，自己可以完全控制，谁料年羹尧在政治上是个粗材，一被捧就忘乎所以，很快就有点尾大不掉的兆头。
一开始，雍正并没有意识到这一点，直到他亲自接待了年羹尧，年羹尧凯旋回朝，在北京待了一个多月，在此之前，几乎可以肯定雍正没有动杀年羹尧的心思，但此后两人却完全决裂，这一个多月里，到底发生了什么？史书记载含糊不清，但推测起来，大致是雍正发现了年羹尧难以控制，已经构成了危险。
年羹尧骄横嗜杀，说起来也不算死得太冤枉，但雍正翻脸之快、羞辱对手之毒，也让人有点恐惧，年羹尧临死前写的折子像京巴一样恭顺可怜：“臣今日一万分知道自己的罪了，若是主子天恩，怜臣悔罪，求主子饶了臣，臣年纪不老，留下这一个犬马，慢慢地给主子效力”，雍正的回信是让他自裁，还说：你要是有丝毫怨恨之心，就会永堕地狱，万劫不得超生。
隆科多的情形和年羹尧不同，雍正登基后，一嘴一个舅舅，用起好词来叠床架屋买一赠五，“真正当代第一超群拔类之稀有大臣”，但没过多久，这个“稀有大臣”就挨了整，被永久拘禁在畅春园附近，最后死于禁所。
从史料中隐隐约约能看出，隆科多之死似乎和那天的事变有关，隆科多说自己像诸葛亮，白帝城托孤之日就是死期已至之时，雍正则翻旧账，说他在先帝驾崩之日身上带刀，而且隆科多犯了一个大忌，他拼命劝皇上整死允禩，但同时包庇允禩的党羽，似乎想要借机接管允禩的势力，总体来看，隆科多的倒台还是登基事件的余波。
年、隆两案处理起来很顺利，但是对雍正的精神终究是一次打击，尤其是年羹尧，当年捧得太高，忽然又变得十恶不赦要谋逆，这让皇上的英明神武往哪里搁？雍正自己也说“殊令朕愧见天下臣工”，但是好处也很明显，雍正抬高军事系统以压制官僚系统后，又转而用软弱易控的岳钟琪取代了年羹尧，制服了军事系统。
只可惜这个军事系统虽对皇上俯首帖耳，但打仗却变得不太灵光，雍正后期，清朝和准格尔汗国再次爆发战争，一路打下来很不顺利，总体来说胜少败多，最后战争只能不了了之。
