三藩之乱后，仅在台湾、澎湖还有残存的反清势力，即为依旧奉明朝正朔的郑氏政权。此时郑成功之子郑经承袭延平郡王的爵位，他积极参与三藩之乱，曾一度占领福建、广东的一些地区，失败后退守台湾、澎湖，并丢失了根据地金门、厦门。
清朝曾与郑经进行过9次和谈，但均未成功。郑经的首要目标是保持台湾的独立地位，因此他不断宣称台湾不是中国领土，但他又面临着清朝严重的军事威胁，因此做出妥协，欲向清朝臣服，但要依据清朝的藩属国朝鲜的例子，不剃发，不登岸，不易衣冠，仍由郑氏世代统治台湾。在康熙六年(1667年)的和谈中，郑经声称台湾“非属(中国)版图之中”;在康熙八年(1669年)的和谈中，郑经又强调台湾“于版图疆域之外，别立乾坤”，又说台湾“远在海外，与版图渺不相涉”。康熙帝曾一度做出重大让步，允许郑氏封藩，世守台湾。郑经却仍然强调：“苟能照朝鲜事例，不削发，称臣纳贡，尊事大之意，则可矣”，这一点触及了康熙帝的底线，他答复：“若郑经留恋台湾，不思抛弃，亦可任从其便。至于比朝鲜不剃发，愿进贡投诚之说，不便允从。朝鲜系从未所有之外国，郑经乃中国之人”，谈判因此最终破裂。
台湾郑氏集团的存在令清政府如芒刺在背，在一时无法消灭郑氏的情况下，清朝实行了长达几十年的禁海令。顺治十三年(1656年)六月，顺治帝敕谕浙江、福建、广东、江南、山东、天津地方官：“海逆郑成功等窜伏海隅，至今尚未剿灭，必有奸人暗通线索，贪图厚利，贸易往来，资以粮物。若不立法严禁，海氛何由廓清？自今以后，各该督抚镇，著申饬沿海一带文武各官，严禁商民船只私自出海，有将一切粮食货物等项与逆贼贸易者，或地方官察出，或被人告发，即将贸易之人，不论官民，俱行奏闻正法，货物入官，本犯家产尽给告发之人”，此即清朝的“禁海令”，目的是为了封锁郑成功集团，而不是为了断绝中外贸易。禁海令实行五年后，效果并不明显，郑成功集团仍然可以从沿海地区获得各种物资，于是清政府采纳了原郑成功的部下、降将黄梧的建议，实行了更为严厉的“迁海令”，将江苏、浙江、福建、广东、山东、直隶(今河北)六省的沿海居民迁离海边30至50里，“寸板不许入海”，界外房屋村舍一律拆毁焚烧，制造出宽达几十里的无人区作为隔离带，“至是上自辽东下至广东皆迁徙，筑短墙，立界碑，拨兵戍守，出界者死”。“禁海令”与“迁海令”给沿海居民带来了深重的灾难，背井离乡，家庭破产，原来繁荣的沿海地区变成了无人区，经济损失更是难以估量，沿海的渔业、盐业、海运贸易等完全废弃。对清朝来说，台湾问题一天不解决，海禁一天不能开放，沿海地区一天不能恢复，太平盛世无从谈起。
康熙二十年，平定三藩之乱后，清朝政权终于统一、稳定，解决台湾才有可能，而正在此时，台湾郑氏集团发生了严重的内讧。郑经去世，郑氏集团的实力派人物冯锡范、刘国轩联合发动政变，杀死掌握军政大权郑经的长子郑克臧，而立他年仅12岁的弟弟郑克爽，实际权力掌握到了冯、刘二人手中，他们借机迫害异己势力，郑氏集团内部矛盾激化，人心涣散。在和谈过程中，清朝并没有放松招降，再加上经济封锁，郑经的部下纷纷投降清朝，前后达20多万人，严重削弱了郑氏集团的实力。
在平定三藩过程中，清朝恢复福建水师建制，并训练成了一支劲旅。康熙十九年，福建水师与陆军联合夹击，将东南沿海地区的郑氏集团军队全部驱逐。福建水师在收复东南沿海地区的作战中显示出来的实力和作用，增强了清朝统治者实施海上军事行动和武力统一台湾的信心。此后，清政府改变了以往放弃沿海、守卫内陆的消极防御方针，将水师部队分别部署在金门、厦门、铜山、海坛(今福建龙海县)，随时准备对台湾郑氏集团采取军事行动。
