关于徐福，历史记载的很少，只有零碎的历史资料可作参考。其中记载公元前210年，徐福奉秦始皇之命，率“童男童女三千人”和“百工”，携带“五谷子种”，乘船泛海东渡寻找长生不老之药。那么，徐福东渡是否到了日本？有人认为，徐福东渡确实到了日本，甚至有人提出，徐福到日本后建立了日本王朝，徐福就是神武天皇。但是，也有很多学者对徐福到过日本一说提出质疑。他们认为，徐福的船队无法战胜海洋上的狂风恶浪。近来，随着国内学者对当时造船技术和航线的不断深入研究以及对徐福登陆地点的考证，一个个谜团相继被揭开。
谜团一：徐福东渡是否到达日本？
徐福，也叫徐市，为秦国时一方士，公元前210年徐福奉秦始皇之命往渤海三神山寻找长生不老药，此后便无音信。徐福到底去了哪里？关于徐福东渡的目的地问题，学术界大多数学者认为徐福率领的船队到了日本，但也有人以为到了舟山岛与台湾，或很可能是朝鲜。北京大学历史系副教授刘华祝认为，徐福到了朝鲜之说，没有信史为根据，恐难以成立。徐福等人的初始目的是为了寻觅蓬莱、方丈、瀛洲三神山，与山上求神仙与不死之药，值得注意的是，古今渤海的海域概念是大为不同的。古人所说的渤海就是我国东面的大海，它包括了今天的渤海、黄海，乃至东海。我国东面的大海中，有今台湾岛、菲律宾的吕宋岛、日本群岛等，徐福究竟去的是哪个岛，司马迁也不清楚。现在，许多日本学者认为，最早提出徐福到日本定居的，是五代后周的义楚和尚。刘华祝认为，其实《三国志·吴书·吴主传》中就有徐福去向的记载，文章说，230年，吴派大将卫温和诸葛直去夷洲及亶洲。
结果只到了夷洲(今台湾)，亶洲太远，没能到达。并且说亶洲在海中，传言说徐福带领的男女数千人入海到此洲不还。从陈寿的叙述可以断定，亶洲不会是台湾，因为卫温和诸葛直到了台湾；也不会是吕宋岛，因为陈寿说亶洲有人口“数万家”，而吕宋岛至元世组时仍“民不及二百户”；更不可能是舟山岛，因为舟山岛离陆地较近，容易到达。那么，这里的亶洲到底是哪里呢？法国人希格勒的著作《中国史乘中未详诸国考证》中指出亶洲即是日本岛。其实，在日本的史籍文献中，关于徐福东渡日本的记载举不胜举。日本学者奥野利雄先生考证徐福东渡后主要活动地域在日本九州、熊野一带。据《富士古文书》研究家铃木贞一先生的研究看，徐福是70岁去世的。
据台湾学者彭双松先生统计，日本各地与徐福姓名联系在一起的墓、祠、碑、宫、庙、神庄等遗址有50余处，登陆点20余处，传说故事30余个。这些遗迹与传说虽不全是真实的，但也与史实有所关联。徐福率数千人到达日本，把中国先进的耕种方式、百工技术与习俗文化等带到了那里，使日本很快由新石器时代跃入铜铁器时代，或曰由渔猎经济的绳纹时代转变为农耕经济的弥生时代，水稻、蚕桑、药物等种植得到了推广，促进了日本经济文化的大发展。在日本民间，徐福被尊称为农神、蚕桑神、医药神便是明证。由以上论述可以断定，徐福东渡确实到了日本列岛。
谜团二：徐福东渡起航港在何处？
关于徐福东渡的起航港，一直是国内外学者争论的热点，除了日本学者主张的“广东沿海说”与我国台湾有的学者主张的“浙江沿海说”之外，还有大陆学者主张的“江苏沿海说”与“山东沿海说”。刘华祝认为，徐福东渡起航点的确定，起决定作用的是当地的物质条件，一是经济的发达，二是港口的自然状况。否则，聚集大批的人员，征调大量的物资，建造很多的船只等大规模的准备工作就无法进行。还有港湾也应宽广，并与腹地有便利的交通。
比较而言，具备上述优越条件的，据史书所记，只有当时的琅邪。战国时，楚国灭掉越国之前，越国在琅邪建都已经有一百余年。琅邪曾是一度强大的越国的政治、经济、文化中心。战国中期归属齐国后，它也是齐国都城临淄之外的又一重要的经济文化区域。秦统一后，琅邪作为琅邪郡的治所，其重要地位更加提升了。琅邪不仅经济条件优越，而且也是战国及后来的秦国著名的海港之一。位于琅琊台下石河入海河段，附近属花岗岩侵蚀性海岸地貌，水深港阔，起航条件好。另外，徐山附近还有大小珠山，琅琊山等，山上有大量的优质木材，具备打造楼船的充足资源。而且，《史记·秦始皇本纪》明确记载，徐福第一次在琅邪上书后即被就地派遣出海求仙，第二次更是由秦始皇亲自从琅邪送出海的。
谜团三：徐福东渡航线是哪一条？
徐福船队从琅邪航抵日本，经过的航线是哪一条呢？目前学界的“北行航线说”与“南行航线说”最具代表性，“北行航线说”认为，徐率船队从琅邪出发后，沿辽东半岛南、朝鲜半岛西的海岸线，穿过对马海峡，到达日本北九州和歌山等地。“南行航线说”有两种意见：一是从山东半岛的青岛或成山头或之罘横渡大海，经朝鲜半岛南部到达日本九州等地；二是从苏北沿海诸港口(因出发港意见不一)横渡黄海，或至朝鲜半岛穿过济州海峡抵达日本九州，或直达日本。刘华祝认为，史记对徐福东渡的航线没有具体的提示，我们只能依据当时的造船技术、航海知识、海洋条件，其前后航线的蛛丝马迹，以及考古成果等做出较为合理的论证。越国历来就具造船与航海传统，自会稽迁都琅邪后，吸收了吴国的造船工艺与航海知识，更进一步促进了琅邪地区造船与航运业的发展。
秦始皇统一全国后，融合了越、吴、齐三个所谓海上强国的造船、航海诸技术，使秦代的造船业与航海业获得很大的发展。秦国在攻打匈奴时，即从沿海的琅邪等地征调粮食经渤海船运入黄海，以应黄河以北前线之急需。这证明秦代的造船与航海技术具备了一定的远航能力。早在战国时期，我国即开通了一条经朝鲜半岛到达日本的航海线。齐威王、宣王和燕昭王时，就有不少齐燕方士入海寻三神山，去求仙人与长生不死药，方士的入海地多在碣石或山东半岛，入海后可能有至朝鲜半岛南部或倭人居住地的。秦代的造船与航海技术具备了一定的远航能力汉武帝时，曾发生从山东半岛发楼船击匈奴事，其所经之地就是前述北行航线到朝鲜岛西岸之一段。距此事之前110年的徐福东渡，最大可能也是走这一航线。
刘华祝说，北行航线上海岛相望，航船可随时就近避风浪，补充淡水、食物等，安全系数大。而南行航线由于当时还没有罗盘，远海航行的导航只能靠日月星辰或目视，船的动力也只有靠海风吹送或人摇橹，横穿黄海的危险性大，成功率低。而且，这一航线的开通只是南朝以后的事。日本人宫泰彦了也曾指出：“日本海有一种左旋之回流，利用此种回流，可以由朝鲜南部古辰韩地方到达日本山阴。中、朝、日的古代使者曾在这条航线上往来了近千年。北行航线沿岸不断出土有战国时燕齐的刀币，还有青铜剑、青铜戈、铜铎等，说明战国时已开通此航道。
