珍妃容貌出众，性格中有那么些傲气，颇通文史，备受皇帝宠爱。光绪二十年，慈禧万寿庆典前夕，光绪帝受西太后懿旨，同时晋封姐俩为妃。这使慈禧内侄女隆裕顿生忌恨，经常在慈禧面前讲珍妃坏话。当时朝廷中有帝后两党之争，而且颇为激烈。慈禧太后一方为“后党”，光绪皇帝一方为“帝党”，产生对日本战和之争。甲午战争后，光绪帝接受以康有为为首的改良派的变法主张，推行新政，因此又出现了维新与守旧之争，两党水火不容。
传说珍妃介入其中，紧紧追随光绪帝，支持推行新政，引起了慈禧对她的极大怨恨。光绪二十四年，戊戌政变失败，慈禧捕杀了维新派，光绪被囚禁瀛台，珍妃被削去封号，贬入冷宫。此后，慈禧力图废黜光绪帝，另立新君，珍妃又挺身而出，冒死“抗辩”。光绪二十六年七月，八国联军进攻北京，朝廷上下一片恐慌，慈禧决定西逃，光绪帝提出愿意留下举行和平谈判，慈禧坚决反对，并挟持光绪帝，带着宫中数人仓皇出逃，在这片混乱中，珍妃死于宁寿宫外井中，年仅二十五岁。
在北京故宫东北角的贞顺门里有个珍妃井。这口井是见证珍妃之死的唯一证据。至于珍妃因何而死以及当时的实情如何，迄今尚无定论。宫中的很多事情都充满了神秘色彩，让人无法了解事情真相。而官修的史书也不愿对此事给出明确的答案。于是珍妃之死，也就使人产生了许多联想。
从流传的各种稗官野史及小说、戏剧看来，关于珍妃之死，大致存在两种说法。一是珍妃之死是自杀。也就是说，她是自愿投井而非他杀。
但是这种说法并不被大多数人认同，因为珍妃虽然囚禁在紫禁城内，但是一直以来仍然对光绪帝充满幻想，这也是她支撑着活下去的希望。在慈禧西行时，她也正好有机会见到光绪帝，采取自杀的方式了结自己的生命是不太可能的。
还有一种说法被大家认同，就是慈禧命人将珍妃杀害。
一九九零年七月二十日，八国联军即将兵临城下。慈禧决定携带光绪帝等一行人出走西安。此时，大家都换上了百姓布衣聚集在寿宁宫，慈禧忽发感触，出珍妃于牢院。强词珍妃带走不便，留下又恐其年轻惹出是非，即命太监将乐寿堂前的井盖打开，要珍妃自尽，珍妃坚不肯死。众人遂令太监将珍妃推入井中。执刑此命的是慈禧的领班太监崔玉贵。
一九零一年春，八国联军将退，慈禧命崔玉贵回京探听消息，并查看宫内情况，见珍妃所投之井依然如故，便命内务府将珍妃从井中捞起，装殓入棺，七月二十四日葬于阜成门外恩济庄内务府太监公墓南面的宫女墓地，一九零一年十一月三十日即下懿旨：“上年京师之变，仓促之中，珍妃扈从不及，即于宫闱殉难，洵属节烈可嘉，加恩追赠贵妃，以示褒恤。”慈禧假惺惺地以贞烈殉节掩世人耳目。
民国二年(1913)，四十五岁的隆裕皇后逝世，与光绪帝合葬景陵。珍妃的姐姐瑾妃此时已升为皇贵妃，因上面已无皇后管着，成了宣统帝必须尊敬的皇太贵妃，对宫中事物有了相当的决定权，于是趁机将妹妹从宫女墓地迁葬光绪景陵妃嫔园寝。皇家规定，皇帝皇后的墓地称陵寝，嫔妃的墓地称园寝。瑾妃还为珍妃立碑称“恨恪珍贵妃之墓”，总算为妹妹争到了她应有的名分。瑾妃还在珍妃遇害的井旁边立了一小小灵堂，供着珍妃的牌位。灵堂上悬挂一额纸匾，上书“精卫通诚”，颂扬珍妃对光绪的一片真情。
