关于光绪帝的死历史上有许多不同说法。
第一种说法，慈禧知道自己不久于人世，她不愿意在自己死后光绪皇帝重新掌权，便派人毒死了光绪帝。2008年科学家用先进仪器检测出光绪遗发及衣服上含有大量的砒霜，并准备写进史书。但是争议依然很大，比如有的史学家认为光绪陵墓曾经被盗，无法保证检测的真实性
第二种说法，袁世凯见慈禧一病难起，怕慈禧死后，光绪掌握实权，报复自己在戊戌变法时出卖皇帝的行为，于是贿赂宫廷宦官，用剧毒药物害死光绪帝。这种说法最有权威的依据是清朝最后一个皇帝溥仪的说法，溥仪说：“我亲耳听到一个侍候光绪帝的老太监讲：‘光绪帝死前一天，只是用了一剂药，才变坏的。后来才知道这剂药是袁世凯送的。
第三种说法，曾在宫中担任女官的德龄女士，在《清官二年记》等书中，明确地指明是李莲英下毒害死了光绪。太监李莲英得悉光绪帝的日记中载有西太后死后将诛袁世凯和他的消息，与慈禧一起阴谋将毒药投入光绪帝的食物中致使光绪帝中毒身亡。
第四种说法，有专家根据光绪帝生前的病历，结合当时的历史背景和现代中医学理论，推断是光绪帝因为严重肺结核病加上其他并发症，导致死亡的。
光绪死因的诸多说法中，更多的人倾向于第一种说法：第一，光绪帝与慈禧太后之间积怨已久，慈禧害怕自己死后光绪报复她，让她死后不得安宁，所以预先设计毒死了光绪;第二，慈禧历来心狠手辣，对于即是她侄子、又是她外甥的光绪，她也会毫不留情的;第三，光绪帝的病历突然将光绪的病描述得很严重，这一点十分可疑，光绪死前几天的病历极有可能是慈禧出于不可告人的目的派人“伪造”的。
