许多人对水晶头骨的认识源自电影《印地安那-琼斯和水晶头骨王国》，该电影中水晶头骨是神秘外星人的头骨，这些外星人缔造了远古人类文明。虽然在现实中考古学家并不能确定水晶头骨来自外星体，但之前13个神秘水晶头骨确实让人们迷惑不解，它们大多出现在中美洲洪都拉斯、墨西哥等地，人们将它们与神秘的玛雅文明和金字塔相连接在一起。
水晶头骨都是用高纯度透明水晶制成，上面没有任何明显的工具切割迹象，它们在制作时完全没有考虑到水晶的自然轴，这在现今的科学技术也很难办到。如果将激光射入水晶头骨的鼻腔时，头骨就会发出光芒，表面出头骨的棱镜作用。
2008年，由英国和美国科学家组成的研究小组使用电子显微技术和X射线结晶技术对大英博物馆和美国史密森尼博物馆内珍藏的水晶头骨进行了检测，头骨表面的详细分析显示在眼眶、牙齿和头盖骨附近有极细微旋转划痕，很明显这种切割打磨技术源自一种叫做“旋转轮”的珠宝加工设备，而古玛雅人并未掌握这种加工技术，这种工具在前哥伦布时代的美洲大陆上根本不存在。
研究人员推断这些水晶头骨是在欧洲加工制造，其材料是巴西无色水晶。很可能是这些水晶头骨制造完成后以古玛雅阿芝台人的神秘遗物出售给收藏家，目前许多博物馆都取消了水晶头骨展示，对其来源产生置疑，认为它并不具备考古研究价值。
有趣的事实：13个神秘水晶头骨在世界各地散布着，其中最着名的一颗水晶头骨就是“末日头骨”。1924年，这颗水晶头骨被安娜-米切尔-海吉斯(AnnaMitchell-Hedges)持有，她是从养父——英国探险作家F.A-米切尔-海吉斯(F.A. Mitchell-Hedges)那里继承的。
据安娜称，这颗水晶头骨的历史可追溯至3600年前，头骨的眼睛可以释放出蓝色光芒，当它摆放在计算机旁时，曾多次导致计算机硬盘“崩溃”。目前，这颗水晶头骨从未接受任何实验检测，原因是现持有人并不允许这样做。
