最流行的说法是韩非死于李斯的谗言。据《史记·老子韩非列传》记载：秦王得到韩非后很高兴，但还是没有重用他，秦国大臣李斯和姚贾出于对韩非才情的嫉妒，就在秦王面前诋毁韩非，那个秦王就像历史上的所有暴君一样，只做正确的事和不正确的事，在韩非问题上，恰恰做了不正确的事：下令将韩非关进监狱。不久，满腹经纶的韩非在狱中服毒自杀，而送给他毒药的正是李斯。此外《史记·秦始皇本纪》也记载“韩非使秦，秦用李斯谋，留非，非死云阳”。按司马迁的意思，韩非是死于李斯的嫉妒陷害。
但是有人却对这种观点持有怀疑态度，理由是当秦王读到韩非的文章后，认为“得见此人与之游，死不恨矣”时，向他推荐韩非的正是他的同门李斯，如果李斯有妒贤嫉能之心，又何必多此一举？另外，韩信被囚禁进而被杀，不是在秦王重用他时，而是在还未信用的情况下发生的，根据当时的情形，韩非并未对李斯构成任何威胁，根本谈不上什么嫉妒他的才学。李斯在秦二世继位之后，甚至被投放监狱的时候，还多次引用“韩非子言”，劝二世实行韩非之术，这足以证明李斯对韩非是一直敬重的，因此暗害之说是站不住脚的。
除此之外，西汉刘向在《战国策》中说：楚、燕、代等国想联合起来对付秦国，秦王与大臣商议，姚贾自愿出使四国，姚贾的出使瓦解了四国的联合行动，回秦后得到重赏。韩非对此颇为不满，就到秦王面前说姚贾的坏话。
一开始攻击姚贾用秦国财宝贿赂四国君王，是“以王之权，国之宜，外自交于诸侯”;接着又揭姚贾的老底，说他是“世监门子，梁之大盗，赵之逐臣”，认为重赏这种人是不利于“厉群臣”的。秦王召姚贾质问，姚贾对答如流。说以财宝贿赂四君是为秦的利益考虑，如果是“自交”，他又何必回秦国？对自己的出身他也毫不隐讳，并列举姜太公、管仲、百里奚等名人为例，说明一个人的出身低贱和名声不好并不碍于效忠“明主”。他劝秦王不要听信谗言，于是秦王以为韩非出于一己之利诋毁姚贾，遂下令诛杀了韩非。按照这种说法，韩非似乎又是咎由自取，因为妒忌别人而最终害了自己。
但也有人指出这一观点的缺陷。第一，《战国策》这部书相当庞杂，虽然经过刘向校录，但是仍然错误百出。而司马迁对于史料的鉴别相当认真和慎重，他在《史记》中采用了《战国策》的材料十几处，但是唯独没用《秦策》“四国合一”的内容，可见这一段的真实性值得怀疑。第二，韩非“为人口吃，不能说道”，在韩国时，他只是“数以书谏韩王”，为何到了秦国后能一反常态，在秦王政面前唇枪舌剑起来？所以这种韩非之死咎由自取的观点不可靠。
《史记》之中，另有几篇，也写到过韩非之死，如《秦始皇本纪》、《六国年表》和《韩世家》，但都是蜻蜓点水，片言只语，不足以构成一种完整的说法，最多只能说明，韩非的确是死于秦人之手。韩非的死因，因此陷于扑朔迷离之中。究竟是无辜受害？还是咎由自取？抑或，还有别的原因？只能等待进一步的考证了。
