磁共振图像以不同灰度表示，反映的是磁共振信号强度的不同，或者是弛豫时间T1和T2的长短不同。在T1图像上，T1的信号可以区分为强、中和弱三种。T1强信号的是有脂肪，影像显示白色。中等信号强度的如脑组织和肌肉组织，影像显示为灰色。弱信号的有比如脑脊液，影像显示为黑色。T2与T1不同，脑脊液为强信号，影像显示为白色。脂肪为中高信号，表现为灰白色。钙化和骨组织为弱信号，表现为黑色。
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