根据《劳动法》、《劳动合同法》等规定，在员工不辞而别的情况下，劳动者已提供劳动部分对应报酬不应被剥夺。
若用人单位有条件支付剩余工资的，如员工的银行卡并未销毁，应及时足额支付。只有在存在工资支付障碍的前提下(例如无工资卡、无法联系本人)，用人单位可以暂缓工资支付。
《劳动合同法》第九十条规定，劳动者违反本法解除劳动合同，或者违反劳动合同约定的保密义务或者竞业限制，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任(目前广东省的内部仲裁规定，员工不辞而别造成损失，用人单位必须承担举证责任)。故对不辞而别的员工，用人单位有权追究其法律责任，但前提是要有员工造成损失的证据(个人觉得比较难)。
法律规定员工自动离职单位也无权扣除工资。但是如果因员工擅自离职而给单位造成经济损失则应由离职者承担相应责任。
