大自然有自己的生态平衡规律，而对于一个小小的水草刚来说，它也可以被视为一个独立的天地，它也有自己的生态平衡和微生物平衡。对于水草缸中的水质来说，只是生态平衡中的一个指标。而在水草缸养殖的过程中，也会经常遇到微生物的问题。
一般来说，在过滤器中的硝化菌一旦停止水流进入，欠缺氧气供应时，约经过15天左右则逐渐死亡。过滤器的功能除吸收水中微粒的杂质及有害物质，例如氨、亚硝酸等由滤材过滤使水质澄清及分解有害物质外，过滤器尚有使缸中水流动、使水中养分及二氧化碳分布每一个角落的功能。因此在养殖水草的过程中，我们还是要建议不要关闭过滤器。
在水族界中目前所使用的光合成菌大致采用嗜氧性常温型菌种较多，尤其目前红光菌采用者不少。好氧菌与厌氧菌共处一处，各种菌系不会相互抵制，欲使水中有碍物质以微生物分解，使水质处於无毒害而澄清状态时，则可以采用复合性菌、耐＞120℃高温性，不需考虑温度、兼气性菌类，有氧、无氧皆可，可在有氧或缺氧状态下发挥分解功能者最佳。
光合化细菌就是光合成细菌，简称光合菌。光合菌是一种利用光线维持生命的细菌，其食物为水中的浮游生物，可使水缸中的水质清澈，是水缸中的一种益菌。而且，硝化菌为微生物的一种，专门分解硝酸盐类，使水缸藻类较不易滋生，是维持水缸中生态的重要益菌，有益水草正常生。
在养殖水草的过程中，养殖者除了要搭建一个平衡的生态环境，还有必要搭建一个平衡的生态环境。在养殖水草的之前，养殖者也应该先多了解有关水草的微生物问题，了解水草缸中常见的微生物情况，让自己在养殖水草的过程中做到心中有数，也促进水草能正常茁壮的生长。
