康熙时期的文字狱，客观的说，康熙制造的文字狱和其他两个清朝皇帝雍正乾隆相比并不算多，但也并非没有，而且有些案件的性质也还是很恶劣的。
比如康熙十九年(1680年)发生的朱方旦案，值得一提。
民国时期的史学大家孟森专门写过一篇《朱方旦案》的文章，其中说
“士大夫谈清代轶事者，往往及朱方旦之名，然首尾不详，但以妖人目之，若王好贤、徐鸿儒之类。此缘专制时代官文书所束缚，又政教不分，学问中禁阏自由思想，动辄以大逆不道戮人。一经遭戮，传者遂加甚其词，印定耳目，无能言其真相者矣。清末如四川井研之廖平，经学臣吴郁生奏参，几罹于法，尚是专制束缚之余习。迹朱方旦之所犯，并无罪名。当时侍讲王鸿绪所参三大罪：一则谈传教信仰，具出世法，略去帝王臣庶之阶级也;二则信徒之多也;三则发明记忆在脑不在心，以为立说新异也。由今观之，前二者皆宗教家面目，而其后一端，所谓新发明之脑力作用，尤为生理之定义，学界之雅言，略以为大罪，则今日之书籍皆当焚禁，学校皆当封毁矣。”
在《清代禁书总述》一书内的《清代文字狱纪略》也有对此案的介绍，不妨简略摘录如下“朱方旦之狱——康熙十九年(1680年)，湖广有朱方旦者，自号二眉山人，聚徒横议，撰《中说补》，谓中道在两眉间山根上。
康熙二十年(1681年)七月，侍讲王鸿绪得方旦所刻《中质秘书》，指摘其中有诬枉君上，悖逆圣道，蛊惑民心之处，次年二月，九卿议复‘乞正典刑，以维世道’。结果朱方旦被斩，弟子陆光旭、翟凤彩、顾齐宏亦被判为斩监秋后处决”
按照孟森总结的朱方旦罪状，前两条的话，那估计明代的王艮甚至王阳明在康熙统治下都免不了被杀头的命运，王艮不必说了，出身盐丁的平民思想家，狂妄自大，以圣人自居，门徒无数，仅仅这就足够在他在清朝康熙统治下被杀头了，至于王阳明，那光他说“学，天下之公学也，非朱子可得而私也，非孔子可得而私也。”在康熙统治下，得一个离经叛道的罪名不在话下，更何况他也是聚徒讲学，轰动四方，被门徒拥戴成圣人。
如果论最后一条“记忆在脑不在心，以为立说新异也”，这其实也是康熙和他的大臣无知，这个观点其实并不新鲜，早在明末许多知识分子那里就已经流传开来了，何以到了他这里变成立说新异，以至成为杀头的罪名。这本身也是康熙和他的大臣愚昧专制的表现。
如吴伯娅的《朱方旦》中说“表现清朝统治者愚昧无知，顽固落后，以致臣民因持一些科学和进步观点而遭到杀害的典型事例。”
还有康熙统治下发生的戴名世之狱，也称《南山集》案。戴名世仅仅因为赞同方孝标给南明正名的观点，结果就被斩首，家人好友等也被牵连为奴。这个案件广为人知，这里也就不必浪费篇幅多介绍了。
还是那句话，对于制造这些文字狱的皇帝，不谴责其暴虐也就罢了，若称颂其为仁爱，则似于事实偏离太大。
