万历十五年，为了躲避群臣的骚扰，万历帝宣布实行“静摄”，从此不上朝。许多人认为万历长年“不朝”，是万历怠政的一个重要表现，也是国事艰难的原因。事实上，不上朝和不理政是完全不同的两个概念，“万历三大征”的胜利就是在不上朝的时期取得的。
《明史·神宗本纪》可以看到，关于万历十五年以后朝政的记载，与万历十五年以前的并没有区别。赈济荒灾、整顿吏治、平定叛乱、治理河道、发展经济、对外交往等工作，一个也没有少，丝毫也看不出怠政的样子，反而能看出随着年龄的增长，万历的执政能力也在不断增长，许多疑难杂症得到妥善处理，尤其是“万历三大征”的胜利，尤其来之不易。
而关于所谓的怠政的表现也存在巨大的质疑。种种迹象表明，清人所编写的《明史》问题很多。著名历史学家孟森认为，自古以来，朝代更替之际，后代在修前代历史的时候，在涉及到新朝的地方，无一例外都要有所隐没，但是大多数情况下涉及的年代不长，所有隐没的地方，后人在读史的过程中也能发现并了解，从来没有像《明史》这样，隐没一代史的全部。
这些问题大多集中在万历以后，出现问题的原因来自两个方面：一个是满清的御用文人，一个是东林党的残余势力。
满清出于维护统治的需要，为消除人们对明朝的归属感，对明史进行了隐蔽的歪曲，有意放大污点，以偏盖全，诋毁明朝皇帝的形象。另一方面，参与编写《明史》的东林党残余势力，从自己党派的立场出发，维护党派的利益，将明末党争的实际情况进行歪曲，对涉及到人和事按照东林党的是非对错标准进行评判，有失公允。
“不朝”和“不见”的质疑
关于万历帝不上朝的说法，不少人提出质疑。在明代，上朝就像是召开全会，人多嘴杂，并不适合问政，上朝只能是给大家提供吵架的机会，对于政务的处理，没有什么益处，将其取缔，对于遏制不正之风，倒是有一定的积极作用。皇帝处理政务的主要渠道，跟现今有相通之处，也是召开小范围会议，召见相关人员或是通过公文(奏折)等渠道。
从《明史·神宗本纪》可以看到，关于万历十五年以后朝政的记载，与万历十五年以前的并没有区别。赈济荒灾、整顿吏治、平定叛乱、治理河道、发展经济、对外交往等工作，一个也没有少，丝毫也看不出怠政的样子，反而能看出随着年龄的增长，万历帝的执政能力也在不断增长，许多疑难杂症得到妥善处理，尤其是“万历三大征”的胜利.
明代完善的制度，为万历帝实行“静摄”提供了条件。朱元璋夺得天下以后，为确保皇权不受威胁，子孙后代长治久安，在总结历代政治得失和自身统治经验的基础上，设计了一整套制度法令，集中体现在《皇明祖训》、《太祖宝训》中。在祖训中，朱元璋加以训诫，事无巨细，几近絮叨，在制度法令、机构设置、皇帝的基本言行、百官的行为规范、后宫的操守等方面，都作了十分具体而细致的规定，建构了权力运作和制衡网络。
应该说朱元璋在制度建设上达到了封建社会的最高水平，各项制度不仅全面，而且完善，大多数制度从维护皇权的角度看，极具合理性。以至于清朝照搬明朝的制度，而康乾更是对朱元璋发出了“治隆唐宋”的感慨。
万历帝的“静摄”还是以道家理论为指导思想的一种执政理念，其精髓就在于无为而治，休养生息。明代道教盛行，朱元璋曾多次寻访张三丰，朱棣更是为之大兴土木，修建武当山供奉真武大帝。来自湖北的嘉靖帝更是深受道家思想的影响，问政风格颇为“老道”，一方面是深居简出，多年不上朝;另一方面却做了许多影响深远的重大改革。万历不上朝，很可能就是受到他爷爷嘉靖帝的影响。
需要指出的是，道家的影响并非都是消极的，汉代初年以黄老思想为指导，实行无为而治，休养生息政策，这才有了著名的“文景之治”。汉代的国力在此期间迅速增长，为后来汉武帝北击匈奴创造了条件。万历帝的“静摄”，同样有利于在“三大征”之后休养生息，恢复国力。
以此作为怠政的依据是不合理的。万历帝的“静摄”不仅不是怠政，相反，它是一种十分高深的、太极拳似的执政手段。
而“不见”，也是如此，只能说见大臣的次数比较少，还并非是完全不见，即便到了晚年，有时也见大臣的。
“不批”的质疑
处理中央官员奏章
至于“不批”，则和事实相差就更远，确实，万历帝并非批复所有的上疏，而是有所选择的。但笼统的说成不批则是不对的。尤其是在后期，凡是万历帝认为比较重要的，他都会给予批复，至于那些留中不发的上疏，有很多即使批复了也不过是徒然引起不必要的争吵漫骂，还是需要具体情况具体分析，不能一概而论。即便是认为万历帝“以皇帝的身份向臣僚作长期的消极怠工”，“以顽强的意志和臣僚们作持久的对抗”的黄仁宇也承认万历大部分情况下仅仅是对那些递补职位空缺，以及沽名买直，搬弄是非，动辄抗议漫骂的上疏不加批示，“除了不理上述性质的文件以外，他照常批阅其他奏疏。也就是说，他的消极怠工，放弃自己的职责，是有所选择的”。
从明史和明神宗实录的记载来看，即便到了万历四十年以后，在一些人心目中怠政的高峰时期，万历帝对于他自己认为应该批复的奏疏以及应该挽留的官员都是毫不含糊的加以批复和挽留的，关于说万历帝不批的时候用了吏部尚书赵焕“拜疏自去”来做证明，可以从《明史·赵焕列传》里的一些内容看看当时情形。
“然是时朋党已成，中朝议论角立。焕素有清望，骤起田间，于朝臣本无所左右，顾雅不善东林。诸攻东林者乘间入之。所举措往往不协清议，先后为御史李若星、给事中孙振基所劾。帝皆优诏慰留之。……”
“明年春，以年例出振基及御史王时熙、魏云中于外。三人尝力攻汤宾尹、熊廷弼者，又不移咨都察院，于是御史汤兆京守故事争，且诋焕。焕屡疏讦辩，杜门不出，诏慰起之。” “兆京以争不得，投劾径归。其同官李邦华、周起元、孙居相，及户部郎中贺烺交章劾焕擅权，请还振基等于言路。帝为夺诸臣俸，贬烺官以慰焕。焕请去益力。九月，遂叩首阙前，出城待命。帝犹遣谕留。”
上面的摘录中，“帝皆优诏慰留之”，“诏慰起之”，“帝为夺诸臣俸，贬烺官以慰焕”，“帝犹遣谕留”等记载随处可见。
再比如万历帝临死前一年对熊廷弼的竭力支持也能说明一些问题，《明史·熊廷弼传》的记叙中，也可以看到凡是熊廷弼向万历帝的上疏都是“疏入，悉报允”，“疏入，帝从之。”[27] ，在樊树志教授写的《晚明史》中也有这样的记述“在以后的几个月中，神宗虽身患重病，但对熊廷弼仍分外关注，别的奏疏可以不看，惟独熊廷弼的奏疏非看不可，而且无一不批答。随上随下”。这已经是万历帝病重到要临死前的情形了，这些事实和把万历帝说成什么都撒手不管的皇帝，只“将大臣奏章‘留中’不发，就是既不批示，也不发下”应该是直接矛盾的。
处理地方官员的奏章
在明代，知县级别的地方官，是无须皇帝批示，就能够决定的。关于万历怠政所谓“整个中央机构，几乎停止运作”，这种说法是错误的，即便说万历帝放弃自己职责的黄仁宇也承认“皇帝的放弃职责并没有使政府陷于瘫痪。文官集团有它多年来形成的自动控制程序。……北京的会试、殿试照旧举行;地方官和京官按时的考核也没有废止。派遣和升迁中下级文官，用抽签的方法来决定。”
万历怠政的另一个理由是“不任免官员”，导致“官曹空虚”，造成政务荒废。这个问题同样也应该放到党争和无为而治的大背景下去看待，这么做有利有弊，不可一概而论。那些空缺的职务大都是言官(御史或是给事中)，并非干实事的官员，在党争的背景下，言官是党争的先锋和口水战的主力，将其裁汰对于抑制党争和口水战，十分有效。此外减少言官数量，对精简机构，裁汰冗员，节约行政开支，提高行政效率，也是有积极意义的。
“不郊”和“不庙”的质疑
”不郊“和”不庙“的说法，其时并不属实。《明史·神宗本纪》里就能找到相关记载，比如万历十三年四月“戊午，步祷于南郊，面谕大学士等曰：‘天旱虽由朕不德，亦天下有司贪婪，剥害小民，以致上干天和，今后宜慎选有司。’”;还有万历十四年“十一月癸卯，祀天于南郊”。
事实层面上的，就是万历帝“郊”，“庙”次数比较少，乃至后来完全请人代劳，以及不怎么上朝，不怎么接见大臣，确实有他身体上的客观原因，这个是不应该否认也不必否认的。这个身体原因是万历的腿脚确实有毛病，甚至是残疾。
在详细记载新中国成立后发掘万历陵墓前后过程的《风雪定陵·第十四章·打开皇帝的棺椁》中说：
“万历一生多病，经常服药一事，文献都有记载。但随着‘国本之争’越演越烈，……臣僚们便把他的病源归罪于酒色过度、……即使今天的明史研究者，尚有一些人与三百年前的臣僚持同一观点。其实，面对定陵出土的实证，应该打破这种近似偏见的结论。因为无论是棺内万历右腿蜷屈的痛苦形状，还是尸骨复原后，右腿明显地比左腿短的情形，都足以说明这位皇帝生前确实患有严重的足疾。有了这样的实物作证，而再以陈腐的观念，把万历的‘足心疼痛、步履艰难’，一味地归结于贪恋酒色所致，这就难免有失历史公允了。”
可能是因为疾病导致万历帝两只腿不一样长短，这样的情况，有些礼仪无法亲自参加，请人代劳，这从情理上说，是完全可以理解的。
