北京人头盖骨的发现具有重大意义，可是还没等科学家仔细研究头盖骨的时间以及当时人类的大脑特征时，“北京人”头盖骨却离奇失踪了。究竟是谁盗走了这文明的象征，它现在又流落何处呢？
“北京人”是指生活在距今70～20万年的旧石器时代早期的人类。“北京人”化石的发现确证了直立人的存在，使人类进化的序列得以基本确立，也为“从猿到人”的学说提供了最有力的证据。这些化石被发现后一直保存在北京协和医学院。
1941年太平洋战争爆发后，一些科学家认为协和医院也不安全了，决定将北京人化石运到美国保存，包括：北京人的5个头盖骨以及头骨碎片15块，下颂骨14块，锁骨、大腿骨、上臂骨、牙齿等147块化石。这些珍贵文物被运到美国大使馆，准备随美国海军陆战队运往美国。但不久，有消息传出，这批令世界瞩目的极为珍贵的北京人化石却神秘地失踪了，“北京人”化石究竟到哪里去了呢？
第一种猜测
1941年12月5日凌晨，一列美海军陆战队专列驶出北平，据说车上装有北京人头盖骨化石。按计划列车到秦皇岛后，化石运到“哈利逊总统”号轮船，然后运往美国。此次托运的负责人是即将离华赴美的海军陆战队退伍军医弗利，两箱化石就是被混装在他的27箱行李中被送上火车的。
这件事在当时相当秘密。在秦皇岛，弗利的助手戴维斯接收了这批特殊的行李。弗利等待着第二天坐“哈里逊总统”号回国。然而第二天，也就是1941年12月8日，日本偷袭珍珠港，美国对日宣战，太平洋战争爆发了。日军迅速占领了美国在华的机构，美海军陆战队在秦皇岛的兵营也被日军侵占，弗利和戴维斯成了俘虏。在天津的战俘营中，弗利他们陆续收到从秦皇岛兵营运送来的行李，但北京人头盖骨已不见踪迹。
第二种猜测
“据美国提供给中国的信息，化石很有可能在‘阿波丸’号上。”说起化石的去向，历史学者李树喜对媒体不止一次地透露，他研究寻找化石已经多年。据悉，美国总统尼克松当年访华时，曾将美方认为的化石下落作为绝密礼物送给了中国政府，称化石可能在日本沉船“阿波丸”号上。
据了解，“阿波丸”号建造于20世纪40年代，是一艘日本远洋油轮。1945年3月28日，已被日本军队征用的“阿波丸”，在新加坡装载了从东南亚一带撤退的大批日本军官和要人驶向日本。4月1日午夜时分，该船行至中国福建省牛山岛以东海域，被正在该海域巡航的美军潜水舰袭击，3分钟后迅速沉没。
令李树喜坚信“北京人头盖骨”就在这艘沉船上的直接理由，是一份美国交给中国方面的资料。李树喜对媒体说，1996年，他在整理资料时突然发现了从未见过的内容，其中有这样一层意思：当年失踪的“北京人头盖骨”很可能就在沉没的“阿波丸”上。
1977年，中国曾对“阿波丸”沉船进行过一次初步打捞，但由于当时潜水技术的限制，只发现了3000吨锡锭和一些其他东西，并未找到“北京人头盖骨”。但是，打捞人员却找到了伪满洲国政要郑禹的家藏小官印和圆砚，由此推断，该船印证了携带大量中国北方宝物的猜测，也成为“阿波丸”可能装载“北京人头盖骨”的有力旁证。
第三种猜测
流落到民间。1970年，纽约有一位妇女给当时正潜心寻找北京人化石的科学家克里斯托弗打来电话，声称她丈夫生前曾保存过北京人化石，哈佛大学教授豪厄尔斯看了她提供的照片，认定它们正是失踪的北京人化石。正当人们看到希望的时候，这位妇女又神秘消失了。“北京人”化石的寻找工作不得不戛然而止。直到1991年，美国海军军官、历史学家布朗突然收到当年因“北京人”化石丢失而身陷囹圄的弗利博士的来信，说自己有一些“北京人”化石的线索，但遗憾的是，1992年，弗利博士还没有见到化石就去世了。
第四种猜测
“北京人”化石根本就未出北京城。它被埋在美国驻京公使馆的后院里。一个在美国海军陆战队总部门口担任过守卫之职的卫兵回忆说：珍珠港事件爆发前夕，他和一名与美国使馆相通的便门的卫兵，看到两个人抬了一箱东西埋在大使馆后院里，他推测这一箱东西很可能就是“北京人化石”。这一推测的真伪难以证实，因为当年埋宝的地方，现在造有建筑物，因而无法挖掘。
“北京人”头盖骨代表着一段文明，对人类发展史的研究具有重大意义。也正是因为其十分珍贵，才被别人盗走。但是“北京人”头盖骨究竟被何人盗走，是不是日本人所为，这还需要我们继续调查研究。
